Esta especie es capaz de sobrevivir tan cerca del ecuador debido a la biogeografía de la costa occidental de Sudamérica. El agua fría y productiva viaja desde la Antártida a través de la corriente de Humboldt (llamada así por el mismo explorador), que fluye a lo largo de toda la distribución de esta especie. El pingüino de Humboldt está estrechamente relacionado con los demás pingüinos de aguas templadas y más distantemente con los pingüinos antárticos.
Los pingüinos de Humboldt se reproducen durante todo el año y pueden criar más de un polluelo o nidada de polluelos durante un período de 12 meses. Ponen sus huevos en madrigueras que excavan en las gruesas capas de guano (excrementos de aves marinas) que cubren la costa en toda su área de distribución. Mientras uno de los padres se alimenta, el otro vigila el nido. La incubación dura más de un mes. Los pingüinos de Humboldt forman fuertes vínculos de pareja y permanecen con la misma durante toda su vida. Son depredadores que se alimentan principalmente de pequeños peces. Se alimentan relativamente cerca de sus nidos, ya que son presa de los grandes depredadores marinos de la zona, es decir, tiburones, focas y leones marinos. Como todos los pingüinos, los pingüinos de Humboldt proporcionan un importante cuidado parental tanto a los huevos como a los polluelos.
Los científicos consideran que el pingüino de Humboldt es vulnerable a la extinción. La variación natural del clima, los cambios inducidos por el hombre en el sistema climático de la Tierra y la sobrepesca de sus especies de presa preferidas (por ejemplo, la anchoveta peruana) contribuyen a este hallazgo. El fenómeno climático cíclico a gran escala conocido como El Niño reduce significativamente la cantidad de alimento disponible para los pingüinos de Humboldt. En casos severos, estos eventos pueden conducir a la inanición de los adultos. Aunque El Niño es un fenómeno natural, cada vez hay más pruebas de que las actividades humanas que actúan sobre el sistema climático en su conjunto pueden aumentar la gravedad o la frecuencia de los fenómenos de El Niño. La captura directa -para el consumo humano o para su uso como cebo- y la captura accidental en artes de pesca dirigidas a otras especies también han sido amenazas para esta especie, a pesar de que se le ofrece protección legal en toda su área de distribución. Por último, la extracción histórica (y actual) de guano para su uso en fertilizantes y otros productos destruye las madrigueras de los pingüinos de Humboldt y altera sus lugares de reproducción preferidos. La investigación científica continua y los esfuerzos de conservación son vitales para asegurar que las tendencias de disminución de la población se inviertan.
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