1999-2004: Onset of Putrefaction y EpitaphEdit
El álbum debut de Necrophagist, Onset of Putrefaction, lleva años descatalogado. La percusión del álbum estaba a cargo de una caja de ritmos. Con el tiempo, se creó una nueva edición con muestras de batería grabadas por Hannes Grossmann. Todas las antiguas pistas de guitarra, bajo y voz se mezclaron con las nuevas muestras de batería. La reedición también incluye dos canciones de la cinta demo autotitulada de Necrophagist de 1995. Todo el álbum también fue diseñado por el ingeniero y productor de Necrophagist desde hace mucho tiempo, Christoph Brandes, en The Iguana Studios. Fue masterizado por Bob Katz en «Digital Domain», Orlando, Florida. La reedición fue publicada en 2004 por Willowtip en Estados Unidos/Canadá y Relapse en el resto del mundo. En agosto de 2001, Necrophagist actuó en el festival al aire libre Brutal Assault en la República Checa. La banda también volvió a actuar en los años 2003, 2005 y 2010.
2004-2012: Giras y continuos cambios en la alineaciónEditar
El 10 de febrero de 2006 se anunció que Christian Münzner había dejado la banda debido a conflictos de programación. Más tarde, se unió a la banda de death metal Obscura. Se encontró un guitarrista de reemplazo, Sami Raatikainen, que es de Helsinki, Finlandia. Sami también toca en la banda Codeon.
En 2006, la banda emprendió una gira americana llamada «Carving North America’s Epitaph». A Necrophagist se le unieron en esta gira Arsis, Alarum, Neuraxis, Ion Dissonance, Cattle Decapitation y Thine Eyes Bleed. Ellos, junto con Dying Fetus, apoyaron a Cannibal Corpse en su gira por Estados Unidos en el otoño, que también incluyó algunos lugares canadienses.
En 2007, la banda anunció en su perfil de Myspace que después del Metalfest 2007 de California, el baterista Hannes Grossmann dejaría la banda. Hannes declaró que no podía comprometerse con el calendario de giras a tiempo completo de la banda. Marco Minnemann (que ha tocado con Paul Gilbert, Terry Bozzio, Chad Wackerman) fue el sustituto oficial permanente de Hannes.
Necrophagist fue uno de los cabezas de cartel de la gira The Summer Slaughter Tour en 2007, que contó con una amplia variedad de otras bandas de metal extremo como Decapitated, Arsis, The Faceless, Cephalic Carnage, As Blood Runs Black y Cattle Decapitation.
En abril de 2008, Necrophagist anunció que Romain Goulon se uniría a la banda como su nuevo baterista, reemplazando a Minnemann, quien seguiría trabajando con Suiçmez en un proyecto paralelo.
Necrophagist tocó en la gira «Pillage the Village Tour» en 2008 desde el 26 de agosto de 2008 hasta el 10 de septiembre de 2008 con las bandas de death metal Dying Fetus y Beneath the Massacre. Los shows en algunas zonas también incluyeron a Carcass, Suffocation, 1349 y Aborted.
En 2008, Necrophagist comenzó a trabajar en su próximo álbum con el nuevo baterista Romain Goulon. Según los rumores, dos posibles nombres eran «The Path to Naught» y «Death to the Faithful». Suiçmez declaró que la banda utilizaría guitarras de siete cuerdas en el álbum. El propio Muhammed grabará con una nueva guitarra Ibanez Xiphos de tienda personalizada con 7 cuerdas, así como con 27 trastes. Sami Raatikainen es ahora un endosante de la guitarra Ibanez, utilizando una guitarra de 7 cuerdas de la serie RG en el escenario.
2012-: HiatusEdit
A partir de 2012, se desconoce si Necrophagist siguen activos, o tienen planes de lanzar una continuación de Epitaph. Esto ha llevado a una gran cantidad de especulaciones por parte de los fans, desconcertados por la larga espera del álbum. Sin embargo, en una declaración hecha en agosto de 2012, el ex baterista Marco Minnemann afirmó que sí hay progreso en un nuevo álbum, diciendo «Sé que la gente está esperando tanto el nuevo álbum de Necro. Muhammed es un amigo mío muy cercano y sé que está realmente preocupado por entregar el mejor álbum posible. Pero yo personalmente sé que hay progreso….hang en allí, estoy seguro de que va a entregar las mercancías «.
El 11 de septiembre de 2013, el baterista Romain Goulon emitió una declaración de que Necrophagist todavía están activos y tratando de grabar un nuevo álbum, sin embargo, no había ninguna indicación de cuándo sería lanzado. Luego, el 4 de abril de 2016, Goulon respondió a un comentario en Facebook y declaró «Estamos buscando un ataúd para llorar a los muertos», dando a entender que Necrophagist no seguiría adelante como banda.