OntoBee AberOWL OLS NCBI

La ontología NCBITaxon es una traducción automática de la base de datos de taxonomía del NCBI a obo/owl.

La traducción trata cada taxón como una clase obo/owl cuyas instancias (para la mayoría de las ramas de la ontología) serían organismos individuales. Por ejemplo:

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

La traducción reproduce fielmente todo el contenido de la base de datos de origen, incluso cuando esto contraviene las directrices de OBO. Por ejemplo:

• La clase raíz se llama ‘raíz’, en lugar de algo como ‘organismo’
• Se utilizan nombres plurales (tanto nombres linneanos como comunes). Por ejemplo. «mamíferos»
• La organicidad de ciertas clases puede ser discutida – ya sea biológicamente («virus») u ontológicamente («muestras ambientales»)
• Los sinónimos pueden incluir comillas como parte del texto

PURLs

Los purls para esta ontología son:

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (purl oficial para la ontología)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (versión en formato obo)

Los PURLs deben ser resolubles en OntoBee. E.g.

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Las liberaciones

Las liberaciones del obo/owl ocurren cuando el Continuous IntegrationJob es disparado manualmente. Actualmente esto debe ser hecho por un administrador de OBO. Actualmente no hay un ciclo fijo, y esto se hace generalmente en la demanda. El equipo que se encarga informalmente de esto es:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Póngase en contacto con la lista de correo (véase más abajo) para hacer comentarios sobre esto.

Extensiones

El GO utiliza una extensión de NCBITaxon para fines de agrupación. Ver:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

Esta ontología incluye nuevas clases en el espacio de nombres NCBITaxon_Union. Estas clases se definen usando uniones – por ejemplo Prokaryote = Eubacteria OR Archae

Taxon Constraints

Uno de los principales usos de la ontología NCBITaxon es definir las restricciones de los taxones en una ontología multiespecie. Para más detalles, véase:

• Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., y Mungall, C. J. (2010). Formalización de restricciones basadas en taxones para detectar inconsistencias en el desarrollo de anotaciones y ontologías. *BMC Bioinformatics 11, 530**
• Constricciones de taxones en OWL (entrada de blog)
• Constricciones de taxones en Uberon
• Una taxonomía para inmunólogos ICBO 2013

Listas de correo

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Nótese que esto difiere de otras ontologías OBO en que es una traducción de una base de datos producida externamente a OBO. Si desea sugerir cambios en la taxonomía real de la base de datos, póngase en contacto con el NCBI.

El personal del NCBI es muy receptivo y útil, como muestra este post del equipo de Bgee

Si desea sugerir cambios en la traducción, póngase en contacto con el mantenedor o la lista de correo anterior.

Citando la ontología NCBITaxon

Antes de citar, pregúntese cuál es el artefacto que desea citar:

• La base de datos de la taxonomía del NCBI
• La representación OBO/OWL de la base de datos de la taxonomía del NCBI

La última es una traducción bastante trivial de la primera. Si de alguna manera estás citando los contenidos, entonces debes citar la base de datos. Actualmente la referencia más actualizada es:

• Federhen, Scott. La base de datos de taxonomía del NCBI. Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Si desea citar específicamente la traducción OBO/OWL, utilice la URL de esta página