Mr. Sub fue fundado en Toronto, Canadá, en 1968 por dos amigos, Jack Levinson, un contable, y Earl Linzon, un profesor de gimnasia, con un capital inicial de 1.500 dólares. El objetivo de los fundadores era vender comida de calidad, servirla rápidamente, hacerla fresca y, sobre todo, dar a los clientes valor por su dinero.

El primer restaurante Mr. Sub, entonces llamado Mr.Submarine, abrió sus puertas en el 130 de Yorkville Avenue, en la planta baja de una casa victoriana adosada. Tras una respuesta positiva, los dos fundadores abrieron un segundo restaurante cinco meses después.

En 1972, Mr. Submarine vendió su primera franquicia, y se convirtió oficialmente en Mr. Sub en 1990.

Después de mediados de los años 90, Mr. Sub entró en declive, debido a la introducción de la franquicia Subway en Canadá. En 2005 se especuló con que Michael Bregman, antiguo propietario de la cadena de cafeterías Second Cup, estaba contemplando la posibilidad de comprar la cadena. Otros nombres que se han barajado como posibles pretendientes han sido la matriz de Swiss Chalet, Cara Operations, y el operador de KFC, Priszm Canadian Income Fund. La cadena de donuts Country Style estuvo brevemente interesada en MR.SUB en 2005.

El 18 de agosto de 2011, MTY Food Group, que por entonces era propietaria de Country Style, anunció que adquiriría Mr. Sub a finales de octubre de 2011 por 23 millones de dólares.

Mr. Sub fue originalmente el único minorista importante de franquicias de sándwiches submarinos en Canadá, hasta la llegada de cadenas estadounidenses como Subway. Ahora se enfrenta a la dura competencia de varias marcas de servicio rápido, que sobreviven en el mercado de las ciudades pequeñas/del campo, y a los lugares habituales de comida para llevar que siempre han servido el sándwich.