En una cacerola grande, derrita una cucharada de mantequilla a fuego moderado. Añadir la carne picada, una pizca generosa de sal y pimienta negra y cocinar, removiendo de vez en cuando, hasta que se dore, unos 7 minutos. Con una cuchara ranurada, transfiera la carne a una fuente de horno de 9 por 13 pulgadas. Limpie la cacerola.
En la cacerola, derrita 1 cucharada de mantequilla a fuego moderado. Añadir la cebolla, el ajo y una generosa pizca de sal y cocinar, removiendo de vez en cuando, hasta que la cebolla se ablande, unos 5 minutos. Añada el orégano, la pimienta roja triturada, el hinojo molido, los tomates y sus jugos, la albahaca y 2/3 de taza de agua. Con una espumadera, añada la carne. Limpie la fuente de horno. Cubra parcialmente la salsa de carne y cocine, removiendo de vez en cuando, durante 15 minutos. Destape y siga cocinando la salsa hasta que espese, unos 30 minutos más. Incorporar la cucharada de mantequilla restante y sazonar con sal y pimienta negra.
Precalentar el horno a 375°. En una cacerola grande con agua hirviendo con sal, cocer los mostaccioli durante unos 6 minutos, hasta que estén apenas al dente. Escurrir bien y mezclar la pasta con la salsa de carne.
Colocar la mitad de la pasta y la salsa de carne en la fuente de horno. Espolvorear con 1 taza de mozzarella y provolone y ¼ de taza de parmesano. Coloque el resto de la pasta y la salsa de carne sobre los quesos, y espolvoree con 2 cucharadas de parmesano y el resto de la mozzarella y el provolone. Coloque la fuente de horno en una bandeja y hornee los mostaccioli hasta que estén burbujeantes y dorados, unos 25 minutos. Deje reposar a temperatura ambiente durante 15 minutos. Espolvorear con las 2 cucharadas restantes de parmesano y servir.