Malloy tuvo su primera oportunidad cuando fue contratado por RCA. El primer álbum de Malloy, que lleva su propio título, contó con músicos de sesión como Mickey Curry, Hugh McDonald y Michael Thompson. Su primer sencillo como solista en RCA Records, «Anything At All», fue un éxito en las listas de éxitos de rock y un éxito pop en los Estados Unidos. Su tercer sencillo, «Our Love Will Never Die», le valió una aparición en The Tonight Show with Jay Leno. Su segundo álbum, Ceilings And Walls, contó con músicos invitados como Bernie Leadon, Mike Rutherford y Paul Carrack.

Hizo una audición para ser el cantante de la banda de hard rock Van Halen tras la marcha de Sammy Hagar. Malloy grabó varias maquetas con la banda, y Eddie Van Halen le dio a Malloy una maqueta instrumental para que la utilizara en sus propios proyectos. Esta canción fue lanzada por Malloy en 2015 como «It’s the Right Time». El riff resurgió en las sesiones previas al álbum de estudio Van Halen III de 1998 en la canción «That’s Why I Love You». La canción fue desechada del disco en favor de «Josephina».»

Malloy ha tenido una larga carrera en la que ha participado en varias bandas como cantante principal, publicando álbumes en solitario y haciendo apariciones como invitado. Su último álbum marca la primera vez que completa un lanzamiento completo por su cuenta. Malloy continúa haciendo giras y escribiendo música.

El 9 de julio de 2018, Malloy fue anunciado como vocalista principal de Great White, en sustitución de Terry Ilous.