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Akers fue miembro de la selección nacional de fútbol femenino de Estados Unidos de 1985 (USWNT) en su primer partido, en un torneo en Italia en agosto de 1985. Debido a una lesión en el tobillo, no jugó el primer partido. Sin embargo, en el segundo partido internacional de Estados Unidos, marcó el primer gol de la historia del programa, en un empate 2-2 contra Dinamarca.
Akers marcó 15 goles en 24 partidos con Estados Unidos de 1985 a 1990, antes de marcar el récord del equipo con 39 goles en 26 partidos en la temporada de 1991. En 1990 y 1991 fue nombrada Atleta Femenina del Año por la Federación de Fútbol de Estados Unidos (USSF). Akers fue también la máxima goleadora de la primera Copa Mundial Femenina de la FIFA, celebrada en China en 1991, con diez goles, cinco de ellos en un solo partido. Esto llevó a la selección femenina de Estados Unidos al primer campeonato mundial femenino, derrotando a Noruega por 2-1 en la final. Akers marcó los dos goles de Estados Unidos en la final.
Después del Mundial de 1991, pasó de delantera a centrocampista, en parte para minimizar las palizas que le propinaban los defensas rivales. A pesar de las precauciones, Akers sufrió una conmoción cerebral y una lesión de rodilla a principios del Mundial de 1995, y se vio perjudicada por la rodilla en la derrota de Estados Unidos en la semifinal ante Noruega.
En 1996, Akers volvió a formar parte del equipo nacional femenino de Estados Unidos en los Juegos Olímpicos de verano de 1996 en Atlanta, Georgia, donde ganó la primera medalla de oro en el fútbol femenino olímpico. Jugó con un ligamento colateral medial en el papel de centrocampista central de contención, anclando la defensa del equipo, dominando en el aire y elaborando jugadas desde atrás para mantener la posesión y generar oportunidades de gol. Después del torneo, su rodilla tuvo que ser reconstruida por tercera vez. También formó parte del equipo ganador de la medalla de oro en los Juegos de la Buena Voluntad de 1998. El 7 de junio de 1998 se le concedió la Orden del Mérito de la FIFA, el más alto honor de la FIFA en el fútbol mundial, por sus contribuciones al juego del fútbol dentro y fuera del campo; fue la primera mujer en recibirla. Akers volvió a ser líder y miembro del equipo de la Copa Mundial Femenina de 1999, donde el equipo ganó su segundo campeonato mundial. A pesar de jugar con un hombro dislocado, provocado por un aficionado en los cuartos de final, fue galardonada con el Balón de Bronce del torneo por la FIFA.
Poco antes de los Juegos Olímpicos de Verano de 2000 en Sydney, Australia, Akers se retiró del fútbol debido a las lesiones sufridas antes y durante la Copa Mundial de la FIFA de 1999. Fue la segunda máxima goleadora de la selección estadounidense de todos los tiempos (por detrás de Mia Hamm) con 105 goles, 37 asistencias y 247 puntos.