En 1289 el rey javanés Kertanagara maltrató al enviado de Kublai Khan, que había sido enviado para exigir la sumisión del rey. El emperador mongol organizó una expedición de castigo en 1292, pero Kertanagara fue asesinado por un rebelde kadiri, Jayakatwang, antes de que los invasores desembarcaran. Jayakatwang, a su vez, fue derrocado rápidamente por el yerno de Kertanagara, más tarde conocido como Kertarajasa, que utilizó a los mongoles en su propio beneficio y luego los obligó a retirarse confundidos. La capital del reino se trasladó a Majapahit. Durante algunos años, el nuevo gobernante y su hijo, que se consideraban sucesores de Kertanagara, tuvieron que reprimir rebeliones en Java; hasta 1319 no se estableció firmemente la autoridad de Majapahit en Java con la ayuda del renombrado soldado Gajah Mada. Gajah Mada fue el principal funcionario del Estado durante el reinado de la hija de Kertanagara, Tribhuvana (c. 1328-50), y en estos años se restauró la influencia javanesa en Bali, Sumatra y Borneo. El bisnieto de Kertanagara, Hayam Wuruk, se convirtió en rey en 1350 con el nombre de Rajasanagara.

El reinado de Jayam Wuruk (1350-89) se recuerda en el archipiélago como el periodo más glorioso de la historia javanesa. El poema de Prapancha, el Nagarakertagama, ofrece una rara visión del reino desde el punto de vista del siglo XIV. El poema, originalmente llamado Desa warnana («Descripción del país»), se describe a sí mismo como un «templo literario» y se esfuerza por mostrar cómo la divinidad real impregna el mundo, limpiándolo de impurezas y permitiendo que todos cumplan sus obligaciones con los dioses y, por tanto, con la tierra sagrada: el reino de Java, ahora indiviso. El poema se parece más a un acto de culto que a una crónica. El poeta no oculta su intención de venerar al rey y, según la tradición de la poesía javanesa, es posible que lo haya comenzado bajo el estímulo de una meditación piadosa que pretendía ponerle en contacto con la divinidad que se encarnaba en el rey.

Los territorios centrales de la política de Hayam Wuruk eran probablemente mucho más extensos que los de sus predecesores. Los gobernantes territoriales importantes, vinculados a la familia real por matrimonio, fueron sometidos a vigilancia mediante su incorporación a la administración de la corte. Aunque una red de fundaciones religiosas reales estaba centrada en la capital, no está claro si se introdujo una estructura de gobierno más centralizada y duradera o si la unidad del reino y la autoridad del gobernante seguían dependiendo del prestigio personal de éste. Prapancha, al menos, no atribuyó a Hayam Wuruk un grado de autoridad irreal, aunque su poema es una representación no disimulada de los atributos de la divinidad real y los efectos del gobierno divino en Java. En sus viajes por el reino, los funcionarios subordinados hacían valer su autoridad real en asuntos como los impuestos y el control de las fundaciones religiosas. Una muestra del prestigio del rey fue su decisión de emprender una encuesta sobre la tierra para asegurarse de que se mantenían los privilegios de sus súbditos. A falta de un elaborado sistema de administración, la autoridad del gobierno se veía reforzada por la omnipresencia de sus representantes, y nadie daba más ejemplo que el propio rey. Según Prapancha, «el príncipe no estuvo mucho tiempo en la residencia real», y gran parte del poema es un relato de los progresos reales. De este modo, Hayam Wuruk pudo afirmar su influencia en zonas inquietas, imponer el homenaje de los señores territoriales, tranquilizar a los ancianos de las aldeas con sus visitas, verificar los derechos sobre la tierra, recaudar tributos, visitar a los hombres santos del campo para su propia iluminación espiritual y rendir culto en los lugares sagrados mahayana, shaivita y javanés antiguo. Sus infatigables viajes, al menos en los primeros años de su reinado, hicieron que muchos de sus súbditos tuvieran la oportunidad de acudir a la presencia de quien consideraban el receptáculo de la divinidad.

Una de las secciones más interesantes del Nagarakertagama se refiere a la ceremonia anual de Año Nuevo, en la que se reforzaban los poderes purificadores del rey mediante la administración de agua bendita. La ceremonia, a la que asistían eruditos visitantes indios, permitía al poeta afirmar que los únicos países famosos eran Java y la India porque en ambos había muchos expertos religiosos. En ningún momento del año se reconocía con más énfasis el papel religioso del rey que en el Año Nuevo, cuando los notables del reino, los enviados de los vasallos y los líderes de las aldeas acudían a Majapahit para rendir homenaje y que se les recordaran sus obligaciones. La ceremonia terminó con discursos dirigidos a los visitantes sobre la necesidad de mantener la paz y conservar los campos de arroz. El rey explicaba que sólo cuando la capital contaba con el apoyo del campo estaba a salvo de los ataques de las «islas extranjeras».

Dado que el poema venera al rey, no es de extrañar que más de 80 lugares del archipiélago se describan como territorios vasallos y que se diga que los reinos continentales, con la excepción de Vietnam, están protegidos por el rey. Prapancha, creyendo que la gloria del rey se extendía en todas las direcciones, delineó con detalle lo que él percibía como los límites del espacio relevante. No menos de 25 lugares de Sumatra están anotados, y las Molucas, cuyas especias y otros productos eran una fuente de riqueza real, están bien representadas. En cambio, el norte de Célebes (Sulawesi) y las Filipinas no se mencionan.

Durante la vida de Hayam Wuruk el prestigio javanés en ultramar era sin duda considerable, aunque el rey no exigía más que homenaje y tributo a sus vasallos más importantes, como el gobernante de Malayu en Sumatra. En 1377, cuando un nuevo gobernante malayo se atrevió a solicitar la investidura del fundador de la dinastía Ming en China, los enviados de Hayam Wuruk en Nankín convencieron al emperador de que Malayu no era un país independiente. Sin embargo, la influencia javanesa en el archipiélago dependía de la autoridad del gobernante en la propia Java. Cuando Hayam Wuruk murió en 1389, el gobernante de Palembang, en el sureste de Sumatra, vio la oportunidad de repudiar su condición de vasallo. Había observado el restablecimiento por parte de la dinastía Ming del sistema de comercio tributario, abandonado desde hacía tiempo, y su prohibición de los viajes chinos al sudeste asiático, y supuso que los comerciantes extranjeros volverían a necesitar el tipo de instalaciones de entrepôt en Indonesia occidental que Srivijaya-Palembang había proporcionado siglos atrás. Puede que incluso se anunciara como bodhisattva y heredero de los maharajás de Srivijaya. Los javaneses le expulsaron de Palembang, y huyó a Singapur y luego a Malaca, en la península malaya.