John Cotton, (nacido el 4 de diciembre de 1585 en Derby, Derbyshire, Inglaterra, y fallecido el 23 de diciembre de 1652 en Boston, Mass. ), influyente líder puritano de Nueva Inglaterra que sirvió principalmente como «maestro» de la Primera Iglesia de Boston (1633-52) después de escapar de la persecución de los no conformistas por la Iglesia de Inglaterra.
Educado en el Trinity College de Cambridge, Cotton se convirtió en vicario de la iglesia parroquial de San Botolph en Boston, Lincolnshire, en 1612 y permaneció en ese puesto durante 21 años. Durante este tiempo se fue volviendo gradualmente más puritano en su perspectiva, y dejó de observar ciertos rituales religiosos anglicanos en el desempeño de sus funciones. En 1632 se emprendieron acciones legales contra él por su inconformismo, y en julio de 1633 emigró a la Colonia de la Bahía de Massachusetts, donde se convirtió en «maestro» de la Primera Iglesia de Boston, permaneciendo así hasta su muerte. Su popularidad en la colonia era ilimitada y su influencia, tanto en asuntos civiles como eclesiásticos, fue probablemente mayor que la de cualquier otro ministro de la Nueva Inglaterra teocrática.
Cotton escribió varias obras que constituyen una exposición inestimable del congregacionalismo de Nueva Inglaterra, entre ellas The Way of the Churches of Christ in New England (1645) y The Way of Congregational Churches Cleared (1648). El catecismo que escribió, Milk for Babes, Drawn out of the Basts of Both Testaments (1646), fue ampliamente utilizado durante muchos años en Nueva Inglaterra para la instrucción religiosa de los niños.