Organismos unicelulares flagelados o ameboides. La mayoría de las especies son fagotróficas (u osmotróficas), pero una parte de las Euglenophyceae (por ejemplo, Euglena) es fotosintética utilizando cloroplastos verdes a través de una simbiosis secundaria con una planta verde. En algunas especies la mitocondria está reducida, por lo que viven en ambientes anaeróbicos como los sedimentos y el intestino de los animales. Algunos excavados como Trypanosoma (Euglenozoa), Giardia (Trepomonadea) y Trichomonas (Parabasalia) infectan y dañan a los humanos.

Los excavados poseen básicamente dos o cuatro flagelos insertados subapicalmente y un surco ventral sostenido por complejas raíces microtubulares. El surco ventral funciona como un citostoma. Sin embargo, algunos excavados, como Euglenozoa, Parabasalia y Oxymonads, se han transformado a partir de esta forma básica (por ejemplo, han perdido el surco). La mayoría de las especies del Percolozoa poseen las células vegetativas ameboides. Las cristas mitocondriales, si están presentes, suelen ser discoides, pero algunas especies poseen cristas planas o tubulares. En los Trichozoa y Anaeromonads las mitocondrias se transforman en mitosomas o hidrogenosomas al perder el genoma mitocondrial, las cristas y la capacidad de respiración aeróbica.@Reproducción sexual mediante fisión binaria. Acrasis (Percolozoa) forma un cuerpo fructífero y esporas (por lo que el organismo se clasificaba anteriormente en los mohos celulares del limo). Hay pocos informes sobre la reproducción sexual de los excavados, pero se informa de reproducciones sexuales únicas en las oximónadas.

Se proponen los Excabata en base a sus características ultraestructurales. Aunque la monofilia de algunos clados (por ejemplo, Trichozoa, Discicristata + Loukozoa, Anaeromonada) está apoyada por estudios filogenéticos moleculares, la monofilia de los excavados completos no está resuelta.