El síndrome IPEX se desarrolla con mayor frecuencia durante los primeros días o semanas de vida y afecta exclusivamente a los varones. Clásicamente se manifiesta con la aparición secuencial de la tríada de enteropatía, enfermedad autoinmune (particularmente diabetes mellitus tipo I) y afectación cutánea, pero las características clínicas y la gravedad de la enfermedad pueden variar considerablemente entre individuos. La enteropatía autoinmune grave se manifiesta con una diarrea secretora intratable que provoca malabsorción, alteraciones electrolíticas y retraso en el crecimiento. También pueden observarse vómitos, íleo, gastritis o colitis. Los pacientes también presentan endocrinopatías autoinmunes, generalmente diabetes mellitus dependiente de la insulina (DM de tipo 1) a menudo en la infancia o en la niñez temprana, pero también tiroiditis que conduce a hipotiroidismo o hipertiroidismo. La afectación cutánea consiste en una erupción pruriginosa generalizada que se asemeja a un eczema, una psoriasis y/o una dermatitis atópica o exfoliativa. Con menor frecuencia, puede observarse alopecia u onicodistrofia. Los pacientes pueden desarrollar citopenias autoinmunes, trombocitopenia, anemia hemolítica y neutropenia. La afectación autoinmune también puede provocar neumonitis, hepatitis, nefritis, miositis, esplenomegalia y/o linfadenopatía. Pueden producirse infecciones locales o sistémicas (por ejemplo, neumonía, infecciones por Staphylococcus aureus, candidiasis), pero parecen deberse a la pérdida de las barreras cutáneas e intestinales, a las terapias inmunosupresoras y a la mala nutrición, más que a una inmunodeficiencia primaria. Se han descrito hallazgos neurológicos que incluyen neuropatía periférica, miopatía e hipotonía,