La Comisión del Río Mississippi fue creada en 1879 para facilitar la mejora del río Mississippi desde la Cabeza de los Pasos cerca de su desembocadura hasta su cabecera. La misión declarada de la Comisión era desarrollar e implementar planes para corregir, ubicar permanentemente y profundizar el canal del río Mississippi, mejorar la seguridad y la facilidad de la navegación, prevenir inundaciones destructivas y promover y facilitar el comercio, el intercambio y el servicio postal.
Durante casi medio siglo, la MRC funcionó como un organismo ejecutivo que dependía directamente del Secretario de Guerra de Estados Unidos. La Gran Inundación del Mississippi de 1927 cambió la misión de la MRC. La consiguiente Ley de Control de Inundaciones de 1928 creó el Proyecto del Río Mississippi y Afluentes (MR&T). La ley asignó la responsabilidad de desarrollar e implementar el Proyecto del Río Mississippi y Afluentes (MR&T) a la Comisión del Río Mississippi. El proyecto MR&T prevé el control de las crecidas del río Mississippi desde Head of Passes hasta las proximidades de Cape Girardeau (Missouri), el control de las crecidas de los afluentes y desembocaduras del río Mississippi en la medida en que se vean afectados por su remanso, y la mejora de la navegación del río Mississippi desde Baton Rouge (Luisiana) hasta Cairo (Illinois). Esto incluye las mejoras de ciertos puertos y la mejora para la navegación de los ríos Old y Atchafalaya desde el río Mississippi hasta Morgan City, Luisiana.
También incluye la estabilización de las riberas del río Mississippi desde el Head of Passes hasta Cairo, Illinois, la preservación, restauración y mejora de los recursos ambientales, incluyendo pero no limitándose a las medidas para la pesca y la vida silvestre, el aumento de los suministros de agua, las actividades recreativas, los recursos culturales y otros programas relacionados con el desarrollo de los recursos hídricos, y los viajes de inspección semestrales para observar las condiciones del río y facilitar la coordinación con los intereses locales en la ejecución de los proyectos. Durante más de un siglo, las inspecciones y audiencias se han llevado a cabo a bordo del M/V Mississippi y sus predecesores.
Hay siete miembros en la comisión. El actual presidente de la Comisión del Río Mississippi es el general de división Kaiser del Cuerpo de Ingenieros del Ejército de los Estados Unidos. La misión se ejecuta a través de los Distritos de la División del Valle del Mississippi del Cuerpo de Ingenieros del Ejército de los Estados Unidos en St. Paul, Rock Island, St. Louis, Memphis, Vicksburg y Nueva Orleans.
La sede de la operación se encuentra en el centro histórico de Vicksburg en el edificio de la Comisión del Río Mississippi.