No se conoce la fecha ni el lugar de nacimiento de Clemente de Alejandría, nacido Tito Flavio Clemente, aunque es probable que naciera en la década de 150-160, posiblemente en Atenas. Tras estudiar con maestros religiosos y filosóficos en Grecia, el sur de Italia y Siria, se estableció en la ciudad egipcia de Alejandría. Allí quedó profundamente impresionado por las enseñanzas de Pantaeno, que se había convertido al cristianismo desde el estoicismo y que por aquel entonces dirigía la escuela catequética cristiana de Alejandría. Clemente, que seguía siendo un laico, acabó sucediendo a Pantaeno en este cargo y lo ocupó durante varios años, probablemente no más de una década. En relación con sus actividades como maestro cristiano, Clemente produjo sus tres escritos más importantes: La Exhortación a la Conversión, El Tutor y Misceláneas.
En Alejandría, Clemente se encontraba en uno de los principales centros intelectuales del mundo helenístico. Las formas gnósticas de pensamiento cristiano, altamente especulativas y heréticas, habían destacado allí durante décadas entre quienes profesaban cualquier forma de cristianismo. El propio gnosticismo representaba una forma de sintetizar la fe cristiana con la cultura helenística. Clemente tenía la firme convicción de que la filosofía griega, en particular la metafísica platónica y la ética estoica, representaba una de las formas en que Dios había preparado el mundo para la venida de Cristo. Su tarea, por tanto, era trabajar por una apropiación cristiana ortodoxa del pensamiento griego.
El lector percibe en los escritos de Clemente la presencia de tres grupos de críticos contra los que se defiende constantemente. Frente a los representantes paganos de la cultura clásica argumenta la defensa de cualquier tipo de «fe» y de la fe cristiana en particular. A los gnósticos cristianos heréticos les muestra que la experiencia de la redención en Cristo no implica una depreciación del mundo material creado por Dios. A los cristianos sencillos y ortodoxos les asegura que la fe y la sofisticación intelectual no son incompatibles y que la filosofía no conduce inevitablemente a la herejía gnóstica.
Clemente abandonó Alejandría al estallar la persecución contra los cristianos en 202. Poco después se le ve fugazmente en Siria. Más tarde aparece en compañía de un antiguo alumno, ahora obispo en Asia Menor; el obispo envía a su antiguo maestro con una carta de felicitación a un obispo recién elegido de Antioquía. En general se piensa que Clemente murió hacia el año 215.