Las primeras sospechas, entre los teóricos, recayeron sobre un tal Edwin Decker, que tuvo un efímero encuentro romántico con Michelle dos noches antes de que se encontrara su cuerpo. Las sospechas recayeron sobre Decker después de que escribiera un misterioso y morboso poema sobre Michelle tras su muerte.

Otro posible sospechoso fue revelado cuando un compañero de trabajo en una tienda de suministros de oficina donde Michelle había trabajado anteriormente vio a un hombre haciendo varias copias del informe original de la autopsia poco después de que se concluyera la investigación. Este compañero de trabajo afirmó que el hombre tenía una motocicleta. Esta última teoría del sospechoso se relaciona con un acosador en el lugar de trabajo del que Michelle se quejó en una ocasión, que también tenía una motocicleta.

Aumentando las especulaciones de un posible escenario de asesinato está el hecho de que su ropa nunca se encontró y su bolso, con dinero y otros objetos intactos, se encontró en un lugar obvio no muy lejos.

A instancias de Edwin Decker y del periodista Neal Matthews, el informe de la autopsia de Michelle fue revisado en 2008 por el nuevo médico forense jefe Glen Wagner, quien, según un artículo de Decker, llegó a la conclusión de que parecía haber algunas pruebas dudosas, pero no las suficientes como para justificar la modificación de su certificado de defunción.

El caso de Michelle fue perfilado en Buzzfeed Unsolved, una serie de misterio en YouTube que revisa los detalles de su caso. Los presentadores Ryan Bergara y Shane Madej notaron detalles sospechosos en la autopsia de Michelle, y desarrollaron tres teorías principales para la muerte de Michelle: 1. Que Michelle fue realmente atacada por un tiburón, 2. que Michelle saltó y posteriormente se alimentó de tiburones, o 3. que Michelle fue asesinada, tal vez por un interés amoroso rechazado o por un acosador no identificado.

Aunque la opinión predominante es que von Emster fue víctima de un ataque de tiburón, las autoridades en el lugar de los hechos nunca habían investigado una muerte por ataque de tiburón antes, por lo que puede que no estuvieran cualificadas para dictaminar la causa de la muerte. Además, cuando se mostró el cuerpo a los expertos, algunos afirmaron que las lesiones no coincidían con las medidas de un gran tiburón blanco. Oficialmente el caso está cerrado, pero el caso de la muerte de Michelle von Emster sigue siendo un misterio para aquellos que no están de acuerdo con la causa oficial de la muerte: un ataque de gran tiburón blanco.

Actualmente, el Archivo Global de Ataques de Tiburón no reconoce el incidente de von Emster como un ataque mortal de tiburón.