El Ballet Mariinsky se fundó en la década de 1740, tras la formación de la primera escuela de danza rusa en 1738.

La Escuela del Teatro Imperial, como se conocía originalmente, se estableció el 4 de mayo de 1738, en el Palacio de Invierno de San Petersburgo. Se convertiría en la predecesora de la actual Academia de Ballet Vaganova. El director fundador de la escuela fue el maestro de ballet y profesor francés Jean-Baptiste Landé y el propósito de la creación de la escuela era formar a jóvenes bailarines para formar la primera compañía de ballet rusa. El primer grupo de estudiantes incluía doce chicos y doce chicas, que más tarde pasarían a formar lo que sería el predecesor del actual Ballet Mariinsky.

Existe muy poca información de los años de formación de la compañía de ballet, sin embargo se sabe que tanto la escuela como la compañía de ballet estaban vinculadas por el nombre, convirtiéndose en la Escuela Imperial de Ballet y el Ballet Imperial Ruso, nombres que siguieron utilizándose hasta la abolición del gobierno imperial. A finales del siglo XVIII y principios del XIX, el Ballet Imperial Ruso no tardó en destacar y emplearía algunos de los nombres más influyentes y famosos de la historia del ballet, como Charles Didelot, Marie Taglioni, Christian Johansson, Enrico Cecchetti, Jules Perrot, Fanny Cerrito y Carlotta Grisi.

Como Ballet Imperial Ruso, la compañía es más famosa por haber estrenado numerosos ballets del renombrado coreógrafo Marius Petipa. Éste creó muchas de sus obras más famosas durante su etapa como maestro de ballet y director de la compañía a mediados y finales del siglo XIX. Varios de sus ballets forman ahora la base del repertorio tradicional de ballet clásico, interpretado por compañías de ballet de todo el mundo, y a menudo conservando gran parte de la coreografía de Petipa. Estos ballets incluyen las producciones originales de El Cascanueces, La Bella Durmiente, Don Quijote, La Bayadère y Raymonda; y las populares reposiciones de ballets más antiguos, como Coppélia, Giselle y Le Corsaire. La reposición de Petipa del ballet El lago de los cisnes es quizá su obra más famosa para la compañía. El Lago de los Cisnes, coreografiado originalmente por Julius Reisinger para el Teatro Bolshoi en 1877, fue inicialmente un fracaso comercial y de crítica. Petipa trató de revivir el ballet con la bendición de Pyotr Ilyich Tchaikovsky, pero el compositor murió antes de que se creara el nuevo ballet. Petipa trabajó entonces con su hermano Modest Tchaikovsky, que revisó significativamente la historia y reescribió el libreto hasta llegar a la versión que se representa actualmente. La producción fue coreografiada por Petipa y su colaborador Lev Ivanov. Estrenada en el Teatro Mariinsky en 1895, la producción de Petipa/Ivanov/Tchaikovsky de El lago de los cisnes fue un gran éxito y actualmente se considera el ballet más famoso de todos los tiempos. Casi todas las producciones posteriores de El lago de los cisnes se basan en esta producción de 1895.

Tras la Revolución Rusa, el gobierno soviético decidió que la escuela y la compañía de ballet eran símbolos no deseados del régimen zarista y las cerró. La compañía de ballet fue la primera en ser restablecida, pasando a llamarse Ballet Soviético, y la escuela reabrió más tarde como Escuela Coreográfica Estatal de Leningrado, permaneciendo ambas en sus ubicaciones anteriores.

Después del asesinato de la prominente figura soviética Serguéi Kirov en 1934, el Ballet Soviético fue rebautizado como Ballet Kirov, nombre que todavía se utiliza a veces incorrectamente. Tras el fin del régimen comunista, la compañía de ballet y la de ópera pasaron a llamarse Ballet Mariinsky y Ópera Mariinsky. En la actualidad, ambas compañías son dirigidas por el propio teatro.

A pesar de todos estos cambios, el actual Ballet Mariinsky sigue vinculado a la escuela, que ahora es la Academia de Ballet Vaganova.