MODELLER se utiliza para el modelado homológico o comparativo de estructuras tridimensionales de proteínas (1,2). MODELLER implementa el modelado comparativo de estructuras de proteínas mediante la satisfacción de restricciones espaciales (3,4), y puede realizar muchas tareas adicionales, incluyendo el modelado de novo de bucles en estructuras de proteínas, la optimización de varios modelos de estructura de proteínas con respecto a una función objetivo definida de forma flexible, la alineación múltiple de secuencias y/o estructuras de proteínas, la agrupación, la búsqueda de bases de datos de secuencias, la comparación de estructuras de proteínas, etc. MODELLER está disponible para su descarga en la mayoría de los sistemas Unix/Linux, Windows y Mac.

Se dispone de varias interfaces gráficas para MODELLER. También hay muchos otros recursos y personas que utilizan Modeller en interfaces gráficas o web u otros marcos.

1. B. Webb, A. Sali. Comparative Protein Structure ModelingUsing Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc., 5.6.1-5.6.37, 2016.
2. M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Modelización de la estructura proteica comparativa de genes y genomas.Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
3. A. Sali & T.L. Blundell.Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
4. A. Fiser, R.K. Do, & A. Sali.Modeling of loops in protein structures, Protein Science 9. 1753-1773,2000.

La versión actual de Modeller es la 10.1, que se publicó el 18 de marzo de 2021. El mantenimiento de Modeller corre a cargo de Ben Webb.