El nombre «Óbidos» es una derivación latinizada (oppidum, ciudadela) derivado del más antiguo celta «Eburobricio». El municipio tuvo su crecimiento a partir de un asentamiento romano cerca de las estribaciones de una escarpa elevada. La región de Óbidos, que se extiende desde el Atlántico hasta el interior de la provincia de Extremadura a lo largo de los ríos y lagos, ha estado habitada desde el Paleolítico tardío. Las primeras tribus celtas construyeron un asentamiento que posteriormente fue un centro de comercio para los fenicios. Las evidencias arqueológicas de la base de la torre medieval (al sur de Facho) del castillo de Óbidos indican una construcción romana vinculada a un puesto de avanzada de la civitas romana de Eburobrittium, una gran zona urbana que ha sido objeto de excavaciones. Las prospecciones arqueológicas determinaron los restos de un foro, unas termas y otras estructuras romanas cerca del asentamiento.
Después de la caída de Roma, la región quedó bajo la influencia de los visigodos, aunque faltan registros específicos. La ciudad romana de Eburobrittium fue abandonada en el siglo V por la cima de la colina, más segura, donde hoy se encuentra el asentamiento principal. En algún momento después del año 713, los moros establecieron una fortificación en esta montaña, mientras que una comunidad cristiana de mozárabes vivía en el barrio de Moncharro.
La zona fue arrebatada a los moros por el primer rey de Portugal, Afonso Henriques, en 1148. La tradición afirma que un caballero, Gonçalo Mendes da Maia, fue el responsable del éxito del asalto al castillo moro. La toma de Óbidos fue la última etapa de la conquista de la región de la provincia de Estremadura, después de los asentamientos de Santarém, Lisboa y Torres Vedras. Tras el control de la región, el asentamiento recibió su primer foral en 1195, durante el reinado de Sancho I. En 1210, el rey Afonso II concedió el título de esta villa a la reina Urraca. Desde entonces, Óbidos ha sido patrocinada a menudo por las reinas de Portugal, dando lugar a su título informal como Vila das Rainhas (ciudad de las reinas); varios consortes reales enriquecieron la villa con donaciones desde la Edad Media hasta el siglo XVI.
El castillo y las murallas de Óbidos fueron remodelados durante el reinado de Dinis I. La estructura de piedra caliza y mármol fue reforzada y elaborada, mientras que la torre del homenaje fue creada en el siglo XIV, por el rey Fernando. En la época de la primera remodelación, el asentamiento también había crecido más allá de las puertas del castillo.
La iglesia de Santa María de Óbidos fue el escenario de la boda del rey Afonso V con su prima, la princesa Isabel de Coimbra, el 15 de agosto de 1441, cuando ambos eran todavía niños de 9 y 10 años, respectivamente. Las reformas administrativas llevadas a cabo por el rey Manuel I en Óbidos, en 1513, incluyeron la institución de un fuero y una importante recalificación del casco urbano.
El terremoto de 1755 causó daños en las murallas de la villa, en algunas iglesias y en muchos edificios, y provocó la pérdida de la arquitectura de inspiración árabe o medieval. Asimismo, en los alrededores de Óbidos se libraron las Guerras Peninsulares, incluida la Batalla de Roliça. Más recientemente, la villa fue centro de gobierno y lugar de encuentro de los implicados en la Revolución de los Claveles de 1974, lo que la vincula a la revuelta del movimiento de las fuerzas armadas.