Es ist unbekannt, was passiert ist.
Wir wissen, was nicht passiert ist. Eine beliebte Fantheorie ist, dass es eine Art Kataklysmus gab, bei dem Zero ausbrach und alle tötete. Dies wurde von Keiji Inafune selbst ausdrücklich verneint.
Wily hat den Maverick-Virus überlebt und ist definitiv derjenige, der ihn und Zero erschaffen hat. Daran gibt es zumindest keinen Zweifel.
Wenn ich raten müsste: Roll hat sich wahrscheinlich später abgenutzt.
Blues/Protoman ist wahrscheinlich an seinem Energieungleichgewicht gestorben.
Es ist wahrscheinlich, dass Megaman und Forte/Bass sich irgendwann gegenseitig getötet haben.
Lights Gesundheitszustand war in den Day of Sigma-Rückblenden offensichtlich angeschlagen, also ist es wahrscheinlich, dass er einfach eines natürlichen Todes gestorben ist.
Es wurde stark angedeutet, aber nie bestätigt, dass Wily seinen Geist in einen Computer hochgeladen hat.
Ein alternatives Schicksal für Megaman könnte folgendes sein: Einer von Dr. Wilys Robot Masters ist Quint, eine umprogrammierte Version von Megaman, die Wily 34 Jahre in der Zukunft gestohlen hat. Damals war Megamans Kampf vorbei und ihm wurden seine Kampfteile entfernt, also gab Wily ihm neue, um sein früheres Ich zu töten. Natürlich hat Megaman ihn besiegt, aber ich bin mir ziemlich sicher, dass Quint nicht wirklich zerstört wurde.
Ich bin mir nicht sicher, was da passiert ist.