Die klinische Medizin wird in erster Linie von den Bodleian Health Care Libraries an vier Standorten betreut, die Sammlungen mit aktuellem Material beherbergen. Die Bodleian Health Care Libraries versorgen sowohl die Universität als auch die Mitarbeiter des örtlichen NHS. Die Fachgebiete sind wie folgt:

Cairns Library, John Radcliffe Hospital: Akute Allgemeinmedizin/Chirurgie (alle Disziplinen), Geburtshilfe und Gynäkologie, Pädiatrie, Geratologie, AIDS, Neurowissenschaften, Hals-Nasen-Ohren-Heilkunde, Augenheilkunde und Kursbücher.

Knowledge Centre, Old Road Campus Research Building: Epidemiologie, evidenzbasierte Gesundheitsfürsorge, Gesundheitspolitik, öffentliche Gesundheitsfürsorge, Statistik, Diabetes, Onkologie, Strahlentherapie.

NOC Library, Nuffield Orthopaedic Centre: Orthopädie, Muskuloskelettale Wissenschaften, Rheumatologie, Neurologische Erkrankungen und Neurorehabilitation, Orthotik, Prothetik, Physiotherapie, Ergotherapie, Gesundheitsmanagement und Krankenpflege.

Horton Library, Horton General Hospital: Allgemeinmedizin, Geburtshilfe und Gynäkologie, Krankenpflege und Hebammenwesen, Neonatologie, Gastroenterologie und Hepatologie, Pädiatrie, Gerontologie, Kardiologie, Beatmungsmedizin, Trauma und Orthopädie, Endokrinologie, Psychiatrie und psychische Gesundheit, Psychologie, Notfallmedizin, Intensivmedizin, Chirurgie und Anästhesie, Pathologie, Mikrobiologie und Gesundheitsmanagement.

Die nicht-klinische Medizin wird hauptsächlich von der Radcliffe Science Library betreut. Ihre umfangreichen Sammlungen im Bereich der Biowissenschaften und der Medizin stammen aus dem 19. Jahrhundert und umfassen sowohl historisches als auch zeitgenössisches Material, das legal deponiert und erworben wurde. Sie sammelt Pflichtexemplare der klinischen Medizin sowie Pflichtexemplare und gekauftes Material zu nicht-klinischen Themen wie experimentelle Psychologie, menschliche Anatomie und Genetik, Physiologie, Pathologie und Pharmakologie.