Dass diese Art so nahe am Äquator überleben kann, liegt an der Biogeographie der Westküste Südamerikas. Kaltes, ergiebiges Wasser kommt aus der Antarktis über den Humboldtstrom (benannt nach dem gleichnamigen Entdecker), der durch das gesamte Verbreitungsgebiet dieser Art fließt. Der Humboldt-Pinguin ist eng mit den anderen Pinguinen der gemäßigten Breiten und weniger mit den antarktischen Pinguinen verwandt.
Humboldt-Pinguine brüten das ganze Jahr über und können in einem Zeitraum von 12 Monaten mehr als ein Küken oder ein Gelege aufziehen. Sie legen ihre Eier in Höhlen, die sie aus den dicken Schichten von Guano (Seevogelkot) graben, die die Küsten ihres Verbreitungsgebiets bedecken. Während ein Elternteil füttert, bewacht das andere Elternteil das Nest. Die Brutzeit dauert länger als einen Monat. Humboldt-Pinguine bilden starke Paarbindungen und bleiben ihr ganzes Leben lang mit demselben Partner zusammen. Sie sind Raubtiere, die sich hauptsächlich von kleinen Fischen ernähren. Sie ernähren sich relativ nah an ihren Nestern, da sie Beute für die großen Meeresräuber der Region sind, nämlich Haie, Pelzrobben und Seelöwen. Wie alle Pinguine leisten auch die Humboldt-Pinguine umfangreiche elterliche Fürsorge sowohl für die Eier als auch für die Küken.
Wissenschaftler halten den Humboldt-Pinguin für vom Aussterben bedroht. Natürliche Klimaschwankungen, vom Menschen verursachte Veränderungen des Klimasystems der Erde und die Überfischung ihrer bevorzugten Beutetiere (z.B. die peruanische Sardellenart) tragen zu dieser Feststellung bei. Das zyklische, großräumige Klimaphänomen, das als El Niño bekannt ist, verringert das Nahrungsangebot für Humboldt-Pinguine erheblich. In schweren Fällen können diese Ereignisse zum Verhungern der erwachsenen Tiere führen. El Niño ist zwar ein natürliches Phänomen, aber es gibt immer mehr Hinweise darauf, dass menschliche Aktivitäten, die auf das Klimasystem als Ganzes einwirken, die Schwere oder Häufigkeit von El Niño-Ereignissen erhöhen können. Auch der direkte Fang – für den menschlichen Verzehr oder als Fischköder – und der versehentliche Fang in Fanggeräten, die auf andere Arten abzielen, stellen eine Bedrohung für diese Art dar, obwohl sie in ihrem gesamten Verbreitungsgebiet gesetzlich geschützt ist. Schließlich werden durch den historischen (und noch immer andauernden) Abbau von Guano zur Verwendung in Düngemitteln und anderen Produkten die Höhlen der Humboldt-Pinguine zerstört und ihre bevorzugten Brutplätze verändert. Kontinuierliche wissenschaftliche Forschung und Schutzbemühungen sind von entscheidender Bedeutung, um sicherzustellen, dass die rückläufigen Populationstrends umgekehrt werden.
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