Nerja hat eine lange Geschichte, wovon die primitiven Malereien in den berühmten Höhlen von Nerja zeugen, die 1959 entdeckt wurden. Heute geht man davon aus, dass diese Höhlen nur ein Eingang zu einer Reihe von miteinander verbundenen Höhlen sind, die sich über viele Kilometer in die Berge zwischen Nerja und Granada erstrecken und sich als eines der größten unerforschten Systeme Europas erweisen könnten. In den Höhlen können die Besucher die Überreste eines der alten Bewohner von Nerja besichtigen.
Die Römer errichteten hier drei Siedlungen, darunter Detunda, von der heute noch große Reste zu sehen sind. Später, im frühen 8. Jahrhundert, wurde das Gebiet von den Arabern erobert. Unter den Mauren war die Stadt unter dem Namen Narixa bekannt, was „reiche Quelle“ bedeutet, wovon sich der heutige Name ableitet.
Seine landwirtschaftlichen und seidenen Produkte sollen bereits im 10. Jahrhundert in der gesamten muslimischen Welt und auf den Märkten von Damaskus berühmt gewesen sein.
Im Zentrum der Altstadt befindet sich der Balcón de Europa, ein Aussichtspunkt, der einen atemberaubenden Blick über das Meer bietet. Es wird angenommen, dass sein Name von König Alfons XII. geprägt wurde, der die Gegend 1885 nach einem verheerenden Erdbeben besuchte und von dem Anblick fasziniert war. Der Volksmund sagt, dass er an der Stelle stand, an der sich heute der Balcón befindet, und sagte: „Das ist der Balkon Europas“. Aus Dokumenten des örtlichen Archivs geht hervor, dass der Name bereits vor diesem Besuch vergeben wurde, was die Behörden jedoch nicht davon abhielt, eine lebensgroße (und viel fotografierte) Statue des Königs am Geländer aufzustellen.
Das Balcón-Gebiet war ursprünglich als La Batería bekannt, eine Anspielung auf die Geschützbatterie, die dort in einem befestigten Turm stand. Diese Stellung und ein ähnlicher Turm in der Nähe wurden während des Halbinselkriegs zerstört. Im Mai 1812 unterstützten die britischen Schiffe Hyacinth, Termagant und Basilisk die spanischen Guerillas an der Küste von Granada im Kampf gegen die Franzosen. Am 20. Mai eröffneten die Termagant oder die Hyacinth das Feuer, und die Forts wurden zerstört. Zwei rostige Kanonen am Ende des Balcón erinnern an diese gewalttätigen Zeiten. Die riesigen Felsbrocken, die Überreste von La Batería, die am Ende des Balcón im Meer zu sehen sind, sind ein weiteres Zeugnis dieser Aktion.
