OntoBee AberOWL OLS NCBI

Die NCBITaxon Ontologie ist eine automatische Übersetzung der NCBI Taxonomiedatenbank in obo/owl.

Die Übersetzung behandelt jedes Taxon als eine obo/owl Klasse, deren Instanzen (für die meisten Zweige der Ontologie) individuelle Organismen wären. Beispiel:

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

Die Übersetzung gibt den gesamten Inhalt der Quelldatenbank getreu wieder, auch wenn dies gegen die OBO-Richtlinien verstößt. Zum Beispiel:

• Die Wurzelklasse heißt „Wurzel“ und nicht etwa „Organismus“
• Es werden Pluralnamen verwendet (sowohl Linnaeische als auch gebräuchliche Namen). Z.B.. „Säugetiere“
• Die Organismuszugehörigkeit bestimmter Klassen könnte umstritten sein – entweder biologisch („Viren“) oder ontologisch („Umweltproben“)
• Synonyme können Anführungszeichen als Teil des Textes enthalten

PURLs

Die Purls für diese Ontologie sind:

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (offizielle PURL für die Ontologie)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (Version im Obo-Format)

Die PURLs sollten in OntoBee auflösbar sein. Z.B.

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Releases

Releases des obo/owl erfolgen, wenn der Continuous IntegrationJob manuell ausgelöst wird. Dies muss derzeit von einem OBO-Administrator durchgeführt werden. Es gibt derzeit keinen festen Zyklus, und dies geschieht im Allgemeinen nach Bedarf. Das Team, das sich informell darum kümmert, sind:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Kontaktiere die Mail-Liste (siehe unten) für Kommentare dazu.

Erweiterungen

Das GO verwendet eine Erweiterung von NCBITaxon für Gruppierungszwecke. Siehe:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

Diese Ontologie enthält neue Klassen im Namensraum NCBITaxon_Union. Diese Klassen sind alle durch Unions definiert – z.B. Prokaryote = Eubakterien ODER Archae

Taxon Constraints

Eine der Hauptanwendungen der NCBITaxon Ontologie ist die Definition von Taxon Constraints in einer Multi-Species Ontologie. Für Details siehe:

• Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., and Mungall, C. J. (2010). Formalization of taxon-based constraints to detect inconsistencies in annotation and ontology development. *BMC Bioinformatics 11, 530**
• Taxon Constraints in OWL (Blogpost)
• Taxon Constraints in Uberon
• A Taxonomy for Immunologists ICBO 2013

Mailing Lists

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Dies unterscheidet sich von anderen OBO-Ontologien dadurch, dass es sich um die Übersetzung einer außerhalb von OBO erstellten Datenbank handelt. Wenn Sie Änderungen an der Taxonomie der Datenbank vorschlagen möchten, wenden Sie sich bitte an das NCBI.

Die Mitarbeiter des NCBI sind sehr entgegenkommend und hilfsbereit, wie dieser Beitrag des Bgee-Teams zeigt

Wenn Sie Änderungen an der Übersetzung vorschlagen möchten, wenden Sie sich bitte an den Maintainer oder an die oben genannte Mail-Liste.

Zitieren der NCBITaxon Ontologie

Bevor Sie zitieren, fragen Sie sich, was das Artefakt ist, das Sie zitieren möchten:

• Die NCBI Taxonomiedatenbank
• Die OBO/OWL Darstellung der NCBI Taxonomiedatenbank

Die letztere ist eine ziemlich triviale Übersetzung der ersteren. Wenn Sie in irgendeiner Weise den Inhalt zitieren, sollten Sie die Datenbank zitieren. Die derzeit aktuellste Referenz ist:

• Federhen, Scott. The NCBI taxonomy database. Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Wenn Sie speziell die OBO/OWL-Übersetzung zitieren möchten, verwenden Sie die URL für diese Seite