Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, früher Not Another Molecular Dynamics Program) ist eine Computersoftware für Molekulardynamiksimulationen, die mit dem parallelen Programmiermodell Charm++ geschrieben wurde. Es zeichnet sich durch seine parallele Effizienz aus und wird häufig für die Simulation großer Systeme (Millionen von Atomen) verwendet. Es wurde in Zusammenarbeit zwischen der Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) und dem Parallel Programming Laboratory (PPL) an der University of Illinois at Urbana-Champaign entwickelt.
University of Illinois at Urbana-Champaign: Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB), Parallel Programming Laboratory (PPL)
1995; vor 26 Jahren
C++
Plattformübergreifend: Windows, Linux, macOS, Unix
x86, x86-64
Englisch
Molekulardynamik-Simulation
Proprietär, Freeware für nicht-kommerzielle Nutzung
www.ks.uiuc.edu/Research/namd
Eingeführt wurde NAMD 1995 von Nelson et al. als paralleler Molekulardynamik-Code, der interaktive Simulationen durch Verknüpfung mit dem Visualisierungscode VMD ermöglicht. Seitdem ist NAMD gereift, hat viele Funktionen hinzugefügt und ist auf mehr als 500.000 Prozessorkerne skalierbar.
NAMD hat eine Schnittstelle zu den Quantenchemie-Paketen ORCA und MOPAC sowie eine skriptbasierte Schnittstelle zu vielen anderen Quantenpaketen. Zusammen mit Visual Molecular Dynamics (VMD) und QwikMD bietet die Schnittstelle von NAMD Zugang zu hybriden QM/MM-Simulationen in einer integrierten, umfassenden, anpassbaren und einfach zu bedienenden Suite.
NAMD ist als Freeware für die nicht-kommerzielle Nutzung durch Einzelpersonen, akademische Einrichtungen und Unternehmen für interne Geschäftszwecke erhältlich.