Vollständige (oder obligate) Myko-Heterotrophie liegt vor, wenn eine nicht-photosynthetische Pflanze (eine Pflanze, der es weitgehend an Chlorophyll oder anderweitig an einem funktionsfähigen Photosystem mangelt) ihre gesamte Nahrung von den Pilzen bezieht, die sie parasitiert. Partielle (oder fakultative) Mykoheterotrophie liegt vor, wenn eine Pflanze zwar zur Photosynthese fähig ist, aber Pilze als zusätzliche Nahrungsquelle parasitiert. Es gibt auch Pflanzen, wie z. B. einige Orchideenarten, die während eines Teils ihres Lebenszyklus nicht photosynthetisch und obligat myko-heterotroph sind und während des restlichen Lebenszyklus photosynthetisch und fakultativ myko-heterotroph oder nicht-myko-heterotroph. Nicht alle nicht-photosynthetischen oder „achlorophilen“ Pflanzen sind myko-heterotroph – einige nicht-photosynthetische Pflanzen, wie z. B. der Dodder, parasitieren direkt im Gefäßgewebe anderer Pflanzen. Der teilweise oder vollständige Verlust der Photosynthese spiegelt sich in einer extremen physischen und funktionellen Reduktion der Plastidengenome in mykoheterophischen Pflanzen wider, einem fortlaufenden evolutionären Prozess.
In der Vergangenheit wurde fälschlicherweise angenommen, dass nicht-photosynthetische Pflanzen ihre Nahrung durch den Abbau organischer Stoffe gewinnen, ähnlich wie saprotrophe Pilze. Solche Pflanzen wurden daher als „Saprophyten“ bezeichnet. Heute weiß man, dass diese Pflanzen physiologisch nicht in der Lage sind, organisches Material direkt abzubauen, und dass nicht-photosynthetische Pflanzen zur Nahrungsbeschaffung Parasitismus betreiben müssen, entweder durch Mykoheterotrophie oder direkten Parasitismus anderer Pflanzen.
Die Schnittstelle zwischen der Pflanze und den Pilzpartnern in dieser Assoziation liegt zwischen den Wurzeln der Pflanze und dem Myzel des Pilzes. Die Mykoheterotrophie ähnelt daher stark der Mykorrhiza (und es wird angenommen, dass sie sich aus der Mykorrhiza entwickelt hat), mit dem Unterschied, dass bei der Mykoheterotrophie der Kohlenstofffluss vom Pilz zur Pflanze erfolgt und nicht umgekehrt.
Die meisten Mykoheterotrophen können daher letztlich als Epiparasiten angesehen werden, da sie Energie von Pilzen beziehen, die wiederum ihre Energie von Gefäßpflanzen erhalten. In der Tat findet ein Großteil der Mykoheterotrophie im Rahmen von Mykorrhizanetzwerken statt, in denen Pflanzen Mykorrhizapilze zum Austausch von Kohlenstoff und Nährstoffen mit anderen Pflanzen nutzen. In diesen Systemen spielen die Mykoheterotrophen die Rolle von „Mykorrhiza-Betrügern“, die dem gemeinsamen Netzwerk Kohlenstoff entziehen, ohne dafür eine Gegenleistung zu erhalten. Eine besondere Form der mykoheterotrophen Assoziation, die eine Chimäre zwischen dem haustoriellen Parasitismus einer parasitären Pflanze und der Mykoheterotrophie zu sein scheint, wird bei Parasitaxus usta beobachtet, dem einzigen mykoheterotrophen Gymnospermen.
In Übereinstimmung mit älteren Berichten wurde kürzlich gezeigt, dass einige mykoheterotrophe Orchideen von saprotrophen Pilzen unterstützt werden können, indem sie Streu- oder holzzersetzende Pilze nutzen. Darüber hinaus wurde gezeigt, dass mehrere Grünpflanzen (die den mykoheterotrophen Arten evolutionär nahe stehen) eine partielle Mykoheterotrophie betreiben, d. h. sie sind in der Lage, zusätzlich zu ihrer photosynthetischen Aufnahme Kohlenstoff aus Mykorrhizapilzen aufzunehmen.