Mr. Sub wurde 1968 in Toronto, Kanada, von zwei Freunden, Jack Levinson, einem Buchhalter, und Earl Linzon, einem Sportlehrer, mit einem Startkapital von 1500 Dollar gegründet. Das Ziel der Gründer war es, qualitativ hochwertiges Essen zu verkaufen, es schnell zu servieren, es frisch zuzubereiten und vor allem den Kunden ein gutes Preis-Leistungs-Verhältnis zu bieten.

Das erste Mr. Sub-Restaurant, damals noch Mr. Submarine genannt, wurde in der 130 Yorkville Avenue im Erdgeschoss eines umgebauten viktorianischen Reihenhauses eröffnet. Nach der positiven Resonanz eröffneten die beiden Gründer fünf Monate später ein zweites Restaurant.

Im Jahr 1972 verkaufte Mr. Submarine sein erstes Franchise und wurde 1990 offiziell zu Mr. Sub.

Nach Mitte der 1990er Jahre ging es mit Mr. Sub bergab, da das Franchiseunternehmen Subway in Kanada eingeführt wurde. Im Jahr 2005 gab es Spekulationen, dass Michael Bregman, der frühere Eigentümer der Kaffeekette Second Cup, einen Kauf der Kette in Erwägung zog. Andere Namen, die als mögliche Käufer ins Spiel gebracht wurden, waren die Swiss Chalet-Muttergesellschaft Cara Operations und der KFC-Betreiber Priszm Canadian Income Fund. Die Doughnut-Kette Country Style war 2005 kurzzeitig an MR.SUB interessiert.

Am 18. August 2011 kündigte die MTY Food Group, der zu diesem Zeitpunkt Country Style gehörte, an, dass sie Mr. Sub Ende Oktober 2011 für 23 Millionen Dollar übernehmen würde.

Mr. Sub war ursprünglich der einzige große Franchise-Einzelhändler für Submarine-Sandwiches in Kanada, bis amerikanische Ketten wie Subway aufkamen. Heute steht das Unternehmen in hartem Wettbewerb mit mehreren Schnellrestaurant-Marken, die in Kleinstädten und auf dem Land überleben, sowie mit regulären Imbissbuden, die das Sandwich schon immer serviert haben.