Geboren als Marpa Chökyi Lodrö, in Lhodrak Chukhyer im südlichen Teil Tibets, in einer wohlhabenden Familie, begann er schon in jungen Jahren zu studieren, war aber im Vergleich zu anderen Kindern wild und ungezähmt. Marpa erhielt zunächst drei Jahre lang Unterricht in Mangkhar bei Drokmi Shakya Yeshe und beherrschte Sanskrit. Er beschloss, nach Indien zu reisen, um bei berühmten indischen buddhistischen Meistern zu studieren. Seine erste Reise nach Nepal und Indien unternahm er in Begleitung von Nyo Lōtsawa, dem er als Diener diente. Marpa kehrte nach Lhodrak zurück und wandelte sein gesamtes Erbe in Gold um, um seine Reisekosten zu finanzieren und um den Lehrern Opfergaben zu bringen.
Marpa reiste zunächst nach Nepal, wo er bei Paindapa und Chitherpa, zwei berühmten Schülern Naropas, studierte. Paindapa begleitete Marpa später nach Pullahari, in der Nähe der Nalanda Universität, wo Naropa lehrte. Marpa verbrachte zwölf Jahre mit dem Studium bei Naropa und anderen großen indischen Gurus, allen voran Maitripada. Nach zwölf Jahren machte er sich auf die Reise zurück nach Tibet, um zu lehren und seine Dharma-Aktivitäten fortzusetzen.
Marpa reiste noch zweimal nach Indien und dreimal nach Nepal und studierte bei Naropa und anderen großen Lehrern, darunter Maitripa. Es heißt, dass er in der Höhle des Klosters Phugtal verweilte. Bei seinem dritten Besuch in Indien war Naropa, der sich mit tantrischen Praktiken beschäftigte, schwer zu finden. Doch schließlich fand Marpa ihn und erhielt die letzten Belehrungen und Unterweisungen von Naropa. Zu diesem Zeitpunkt prophezeite Naropa, dass die Familienlinie für Marpa nicht fortbestehen würde, sondern dass seine Linie von seinen Schülern weitergeführt werden würde. Da Marpa nun die vollständige Übertragung erhalten hatte, erklärte Naropa Marpa formell zu seinem Nachfolger, obwohl er noch andere wichtige Schüler hatte, darunter Paindapa, Chitherpa, Shri Shantibhadra oder Kukuripa und Maitripa.
Nach seiner Rückkehr nach Tibet verbrachte Marpa viele Jahre damit, buddhistische Schriften zu übersetzen und leistete einen wichtigen Beitrag zur Übertragung des vollständigen Buddhadharma nach Tibet. Marpa fuhr fort zu praktizieren und vielen Schülern in Tibet Belehrungen und Übertragungen zu geben. Nach seinem zweiten Besuch in Indien wurde Milarepa sein Schüler. Nach dem Tod von Marpas Sohn, Darma Dode, erbte Milarepa seine Linie vollständig. Marpa lebte mit seiner Frau Dakmema und ihren Söhnen in Lhodrak im südlichen Teil von Tibet. Marpa soll 1052 u.Z. das Kloster Stongdey in Zanskar gegründet haben.