Das Mariinsky-Ballett wurde in den 1740er Jahren gegründet, nachdem 1738 die erste russische Tanzschule gegründet worden war.

Die kaiserliche Theaterschule, wie sie ursprünglich genannt wurde, wurde am 4. Mai 1738 im Winterpalast in Sankt Petersburg gegründet. Sie wurde zum Vorläufer der heutigen Waganowa-Ballettakademie. Der französische Ballettmeister und -lehrer Jean-Baptiste Landé gründete die Schule mit dem Ziel, junge Tänzer auszubilden, die die erste russische Ballettkompanie bilden sollten. Die erste Gruppe von Schülern bestand aus zwölf Jungen und zwölf Mädchen, die später den Vorläufer des heutigen Mariinsky-Balletts bildeten.

Aus den Gründungsjahren der Ballettkompanie liegen nur wenige Informationen vor, aber es ist bekannt, dass sowohl die Schule als auch die Ballettkompanie durch ihren Namen miteinander verbunden waren, und zwar als Kaiserliche Ballettschule und Kaiserliches Russisches Ballett, Namen, die bis zur Abschaffung der kaiserlichen Herrschaft verwendet wurden. Im späten 18. und frühen 19. Jahrhundert erlangte das Kaiserlich Russische Ballett bald große Bekanntheit und beschäftigte einige der einflussreichsten und berühmtesten Namen der Ballettgeschichte, darunter Charles Didelot, Marie Taglioni, Christian Johansson, Enrico Cecchetti, Jules Perrot, Fanny Cerrito und Carlotta Grisi.

Als Kaiserlich Russisches Ballett ist die Kompanie vor allem für die Uraufführung zahlreicher Ballette des berühmten Choreographen Marius Petipa bekannt. Er schuf viele seiner berühmtesten Werke während seiner Zeit als Ballettmeister und Direktor der Kompanie Mitte bis Ende des 19. Jahrhunderts. Jahrhunderts. Einige seiner Ballette bilden heute die Grundlage des traditionellen klassischen Ballettrepertoires, das von Ballettkompanien auf der ganzen Welt aufgeführt wird und oft einen Großteil von Petipas Choreografie beibehält. Zu diesen Balletten gehören die Originalproduktionen von Der Nussknacker, Dornröschen, Don Quixote, La Bayadère und Raymonda sowie populäre Wiederaufnahmen älterer Ballette, darunter Coppélia, Giselle und Le Corsaire. Petipas Wiederaufnahme des Balletts Schwanensee ist vielleicht sein berühmtestes Werk für das Ensemble. Ursprünglich von Julius Reisinger für das Bolschoi-Theater 1877 choreografiert, war Schwanensee zunächst ein kritischer und kommerzieller Misserfolg. Petipa versuchte, das Ballett mit dem Segen von Pjotr Iljitsch Tschaikowsky wieder aufleben zu lassen, doch der Komponist starb, bevor das neue Ballett fertiggestellt war. Petipa arbeitete daraufhin mit seinem Bruder Modest Tschaikowsky zusammen, der die Geschichte erheblich überarbeitete und das Libretto in die heute übliche Fassung umschrieb. Die Inszenierung wurde von Petipa und seinem Mitarbeiter Lew Iwanow choreografiert. Die 1895 am Mariinsky-Theater uraufgeführte Petipa/Ivanov/Tchaikovsky-Produktion von Schwanensee war ein großer Erfolg und gilt heute als das berühmteste Ballett aller Zeiten. Fast alle nachfolgenden Produktionen von Schwanensee basieren auf dieser Inszenierung von 1895.

Nach der Russischen Revolution beschloss die sowjetische Regierung, dass die Ballettschule und die Ballettkompanie unerwünschte Symbole des zaristischen Regimes waren, und schloss sie beide. Die Ballettkompanie war die erste, die wieder gegründet wurde und als Sowjetisches Ballett bekannt wurde, während die Schule später als Leningrader Staatliche Choreografieschule wiedereröffnet wurde; beide blieben an ihren früheren Standorten.

Nach der Ermordung des prominenten sowjetischen Künstlers Sergej Kirow im Jahr 1934 wurde das Sowjetische Ballett in Kirow-Ballett umbenannt, ein Name, der manchmal immer noch fälschlicherweise verwendet wird. Nach dem Ende der kommunistischen Herrschaft wurden das Ballett und die Oper nach dem Theater umbenannt und hießen nun Mariinsky-Ballett und Mariinsky-Oper. Beide Ensembles werden heute vom Theater selbst geleitet.

Trotz all dieser Änderungen ist das heutige Mariinsky-Ballett immer noch mit der Schule verbunden, die heute die Waganowa-Ballettakademie ist.