Johnny Sauter begann 1996 mit dem Rennsport, nachdem er ein Versprechen seines Vaters, des Short-Track-Rennfahrers Jim Sauter, eingelöst hatte, die High School zu beenden, bevor er seine Karriere begann. Der aus Necedah, Wisconsin, stammende Fahrer trat 1998 der American Speed Association (ASA) bei. Im Jahr 2001 wurde Sauter unter der Leitung seines Teamchefs Joe Shear Jr. mit einem Rekord von 10 Siegen zum ASA-Champion und Rookie des Jahres ernannt.

Im selben Jahr startete er erstmals in der heutigen NASCAR Xfinity Series. Er fuhr in der Saison 2003 mit und gewann die Xfinity Owners Championship. In diesem Jahr gab Sauter auch sein Debüt in der NASCAR Cup Series und in der NASCAR Camping World Truck Series.

Sauter wechselte 2009 in die Trucks und holte in diesem Jahr seinen ersten Sieg auf dem Las Vegas Motor Speedway. 2016 holte Sauter seine erste Meisterschaft in der Serie nach einer Saison, die drei Siege, eine Pole, 12 Top-Five-Platzierungen und 19 Top-Ten-Platzierungen in seiner Karriere umfasste.

Sauter trug sich auch 2017 und 2018 in die Rekordbücher ein, gewann 10 weitere Rennen und sicherte sich in beiden Saisons vier Plätze in der Meisterschaft. Er ist der einzige Fahrer in der Serie, der seit Einführung des Chase-Formats an allen drei Meisterschaftskämpfen teilgenommen hat

Wie ein echter Rennfahrer tritt Sauter auch weiterhin auf lokaler Ebene in seinem Heimatstaat Wisconsin an, wo er mit seiner Frau Cortney und seinen vier Kindern wohnt.