John Cotton, (geb. 4. Dezember 1585, Derby, Derbyshire, England – gest. 23. Dezember 1652, Boston, Mass. ), einflussreicher Puritanerführer aus Neuengland, der vor allem als „Lehrer“ der Ersten Kirche von Boston (1633-52) diente, nachdem er der Verfolgung der Nonkonformisten durch die Kirche von England entkommen war.
Ausgebildet am Trinity College in Cambridge, wurde Cotton 1612 Vikar der Pfarrkirche St. Botolph’s in Boston, Lincolnshire, und blieb 21 Jahre lang in diesem Amt. Während dieser Zeit wurde er allmählich puritanischer und hörte auf, bestimmte anglikanische religiöse Rituale bei der Ausübung seines Amtes zu beachten. Im Jahr 1632 wurde er wegen seines Nonkonformismus gerichtlich belangt, und im Juli 1633 wanderte er in die Massachusetts Bay Colony aus, wo er „Lehrer“ der First Church of Boston wurde und dies bis zu seinem Tod blieb. Seine Popularität in der Kolonie war grenzenlos, und sein Einfluss sowohl in zivilen als auch in kirchlichen Angelegenheiten war wahrscheinlich größer als der jedes anderen Geistlichen im theokratischen Neuengland.
Cotton schrieb mehrere Werke, die eine unschätzbare Darstellung des Neuengland-Kongregationalismus darstellen, darunter The Way of the Churches of Christ in New England (1645) und The Way of Congregational Churches Cleared (1648). Der von ihm verfasste Katechismus Milk for Babes, Drawn out of the Breasts of Both Testaments (1646) wurde viele Jahre lang in Neuengland für die religiöse Unterweisung von Kindern verwendet.