Über das HMS LINCS Center
Das LINCS Center der Harvard Medical School (HMS) wird durch den NIH-Zuschuss U54 HL127365 finanziert und ist Teil des NIH Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS) Programms. Die übergeordneten Ziele dieses Programms sind die Sammlung und Verbreitung von Daten und Analysewerkzeugen, die erforderlich sind, um zu verstehen, wie menschliche Zellen auf Störungen durch Medikamente, die Umwelt und Mutationen reagieren. Weitere Informationen über LINCS und andere teilnehmende Zentren finden Sie auf der Website des Programms.
Das LINCS-Zentrum der HMS zielt darauf ab, die grundlegenden Prinzipien der zellulären Reaktion auf Störungen zu erforschen, einschließlich der Beziehung zwischen Dosis und Reaktion, des Ursprungs und der Bedeutung von Zell-zu-Zell-Variationen und der molekularen Grundlage der Empfindlichkeit und Resistenz gegen Medikamente. Zu den an der HMS generierten Daten gehören biochemische, proteomische und bildgebende Multiplex-Assays, für die die Verbreitungsstandards nur unzureichend entwickelt sind; ein wichtiges Ziel des Zentrums ist es, diese zu verbessern und alle Daten, Algorithmen und Schlussfolgerungen aus unseren Notebooks und Papieren zu veröffentlichen. Das Zentrum entwickelt auch neue Algorithmen für die groß angelegte Analyse komplexer Datensätze mit Störungscharakter, die über benutzerdefinierte Projektzusammenfassungsseiten zugänglich sind. In der Regel veröffentlichen wir mindestens eine biologische Analyse jedes Datensatzes, aber diese Veröffentlichungen beschreiben nur eine von vielen Verwendungsmöglichkeiten für die Daten. Wir ermutigen die Nutzer, die Primärdaten auf der Grundlage ihrer eigenen Ideen und Algorithmen zu erforschen.
Assays
Wir konzentrieren uns auf biochemische und zellbasierte Assays zu (i) niedermolekularen Kinaseinhibitoren, einer führenden Klasse von Therapeutika für die Behandlung von Krebs, Autoimmunerkrankungen und anderen Krankheiten; (ii) Epigenom-Modifikatoren wie Bromodomain- und HDAC-Inhibitoren; und (iii) natürlich vorkommenden Liganden wie Wachstumsfaktoren und Entzündungszytokinen. Insgesamt erstellen wir Profile der Reaktionen von ~100 Zelllinien und primären Zelltypen auf ~400 Störfaktoren über Dosis und Zeit.
Zugang zu Daten, Algorithmen und Werkzeugen
HMS LINCS bietet zeitnahen öffentlichen Zugang zu allen relevanten Daten und Software in Übereinstimmung mit der Datenfreigabepolitik des NIH LINCS Programms. Sowohl der einfache Download als auch der programmatische Zugang werden unterstützt.
Datenexploration und Anwendungsfälle: Zusammenfassungs- und Erkundungsseiten für HMS LINCS-Publikationen bieten Beschreibungen der wichtigsten Ergebnisse, Links zu relevanten Datensätzen in der HMS LINCS-Datenbank und benutzerdefinierte Datenvisualisierungstools. Diese und andere Tools sind über unsere Software-Seite verfügbar.
Datenzugang: Alle öffentlich freigegebenen HMS LINCS-Datensätze und Reagenzien-Metadaten sind über die HMS LINCS-Datenbank zugänglich, wo Suchfunktionen die Abfrage nach bestimmten Datensätzen und Reagenzien (z. B. nach Zelltyp oder Perturbagen) ermöglichen. Diese Such- und Downloadfunktionen werden aktiv verbessert, und wir ermutigen die Nutzer, ihr Feedback an lincs-feedback hms.harvard.edu.
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