Malcolm X stieg in der Nation of Islam, einer religiösen Organisation unter der Leitung von Elijah Muhammad, schnell auf. Er reiste als Geistlicher und Sprecher durch das Land, gründete neue Moscheen und sprach die Unruhen mit seiner charakteristischen Leidenschaft und Ausdruckskraft an, wodurch er eine Rekordzahl von Neubekehrten anlockte. In dieser Zeit heiratete er 1958 in Lansing, Michigan, Betty X (ehemals Sanders).
Obwohl seine Botschaft als radikal und aufrührerisch angesehen wurde, setzte er sich aktiv für moralische, geistige und spirituelle Reinheit ein, um sein Volk von der Unterdrückung zu befreien.
Als Malcolm X entdeckte, dass Elijah Muhammad heimlich Affären mit weiblichen Anhängern hatte und mehrere Kinder gezeugt hatte, wurde er vom Führer der Nation of Islam desillusioniert.
Entsetzt von der Heuchelei verließ Malcolm X die NOI und gründete im März 1964 seine eigene Organisation, die Muslim Mosque, Inc. Im selben Jahr unternahm er eine religiöse Pilgerreise nach Mekka; diese Reise hatte eine tiefgreifende Wirkung auf den Aktivisten, die ihn dazu veranlasste, seinen Namen in el-Hajj Malik el-Shabazz zu ändern und seine Überzeugungen neu zu überdenken.
In einem Brief schrieb er: „Sie fragten mich, was mich an der Hajj am meisten beeindruckt hatte. … Ich sagte: ‚Die Brüderlichkeit! Die Menschen aller Rassen, aller Hautfarben, aus der ganzen Welt, die als Einheit zusammenkommen!‘ Das hat mir die Macht des einen Gottes bewiesen. … Alle aßen gemeinsam und schliefen gemeinsam. Alles an der Atmosphäre der Pilgerfahrt betonte die Einheit des Menschen unter dem einen Gott.“