Der Anfangsverdacht fiel unter Theoretikern auf einen gewissen Edwin Decker, der zwei Nächte vor dem Auffinden ihrer Leiche eine kurzzeitige romantische Begegnung mit Michelle hatte. Der Verdacht wurde auf Decker gelenkt, nachdem er nach ihrem Tod ein mysteriöses, morbides Gedicht über Michelle verfasst hatte.
Ein weiterer potenzieller Verdächtiger kam zum Vorschein, als ein Mitarbeiter eines Büroartikelladens, in dem Michelle zuvor gearbeitet hatte, kurz nach Abschluss der Ermittlungen einen Mann sah, der mehrere Kopien des Original-Autopsieberichts anfertigte. Dieser Mitarbeiter behauptete, der Mann habe ein Motorrad besessen. Diese letzte Verdächtigentheorie steht im Zusammenhang mit einem Stalker am Arbeitsplatz, über den sich Michelle einmal beschwert hatte und der ebenfalls ein Motorrad besaß.
Zu den Spekulationen über ein mögliches Mordszenario trägt auch die Tatsache bei, dass ihre Kleidung nie gefunden wurde und ihre Handtasche mit Geld und anderen Gegenständen unversehrt an einem offensichtlichen Ort nicht weit entfernt gefunden wurde.
Auf Drängen von Edwin Decker und dem Journalisten Neal Matthews wurde Michelles Autopsiebericht 2008 vom neuen leitenden Gerichtsmediziner Glen Wagner überprüft, der laut einem Artikel von Decker zu dem Schluss kam, dass es zwar einige fragwürdige Indizien zu geben schien, aber nicht genug, um eine Änderung ihres Totenscheins zu rechtfertigen.
Michelles Fall wurde auf Buzzfeed Unsolved vorgestellt, einer Krimiserie auf YouTube, in der die Details ihres Falls untersucht werden. Die Moderatoren Ryan Bergara und Shane Madej bemerkten verdächtige Details in Michelles Autopsie und entwickelten drei Haupttheorien für Michelles Tod: 1. Dass Michelle tatsächlich von einem Hai angegriffen wurde, 2. dass Michelle gesprungen ist und später von Haien gefüttert wurde, oder 3. dass Michelle ermordet wurde, vielleicht von einem zurückgewiesenen Liebesinteresse oder von einem ungenannten Stalker.
Während die vorherrschende Meinung ist, dass von Emster das Opfer eines Haiangriffs war, hatten die Behörden am Tatort noch nie einen Tod durch einen Haiangriff untersucht und waren daher möglicherweise nicht qualifiziert, die Todesursache zu beurteilen. Außerdem behaupteten einige Experten, als ihnen später die Leiche gezeigt wurde, dass die Verletzungen nicht zu den Maßen eines Weißen Hais passen. Offiziell ist der Fall abgeschlossen, aber der Tod von Michelle von Emster bleibt ein Rätsel für diejenigen, die mit der offiziellen Todesursache nicht einverstanden sind: ein Angriff durch einen Weißen Hai.
Zurzeit erkennt die Global Shark Attack File den Vorfall von Emster nicht als tödlichen Haiangriff an.