Einzellige Flagellaten oder amöboide Organismen. Die meisten Arten sind phagotroph (oder osmotroph), aber ein Teil der Euglenophyceae (z.B. Euglena) ist photosynthetisch und nutzt grüne Chloroplasten durch sekundäre Symbiose mit einer grünen Pflanze. Bei einigen Arten ist das Mitochondrium reduziert, so dass sie in anaeroben Umgebungen wie Sedimenten und Därmen von Tieren leben. Einige Exkavaten wie Trypanosoma (Euglenozoa), Giardia (Trepomonadea) und Trichomonas (Parabasalia) infizieren und schädigen den Menschen.

Exkavaten besitzen im Wesentlichen zwei oder vier subapikal eingefügte Geißeln und eine ventrale Rille, die von komplexen Mikrotubularwurzeln getragen wird. Die ventrale Rille wirkt als Zytostom. Einige Exkavaten wie Euglenozoa, Parabasalia und Oxymonaden sind jedoch von dieser Grundform abgewichen (z. B. Verlust der Rille). Die meisten Arten der Percolozoa besitzen die vegetativen amöboiden Zellen. Mitochondriale Cristae, sofern vorhanden, sind in der Regel scheibenförmig, einige Arten besitzen jedoch auch flache oder röhrenförmige Cristae. Bei den Trichozoa und den Anaeromonaden haben sich die Mitochondrien in Mitosomen oder Hydrogenosomen umgewandelt, wodurch das mitochondriale Genom, die Cristae und die Fähigkeit zur aeroben Atmung verloren gehen.@Asexuelle Fortpflanzung durch binäre Spaltung. Acrasis (Percolozoa) bildet einen Fruchtkörper und Sporen (daher wurde der Organismus früher zu den zellulären Schleimpilzen gezählt). Es gibt nur wenige Berichte über die sexuelle Fortpflanzung von Exkavaten, aber einzigartige sexuelle Fortpflanzungen werden bei den Oxymonaden berichtet.

Die Excabata wird auf der Grundlage ihrer ultrastrukturellen Merkmale vorgeschlagen. Obwohl die Monophylie einiger Kladen (z.B. Trichozoa, Discicristata + Loukozoa, Anaeromonada) durch molekularphylogenetische Studien gestützt wird, ist die Monophylie der gesamten Exkavaten ungeklärt.