Im Jahr 1289 misshandelte der javanische König Kertanagara den Gesandten von Kublai Khan, der den König zur Unterwerfung auffordern sollte. Der Mongolenkaiser organisierte 1292 eine Strafexpedition, aber Kertanagara wurde von einem Kadiri-Rebellen, Jayakatwang, getötet, bevor die Invasoren landeten. Jayakatwang wurde seinerseits schnell von Kertanagaras Schwiegersohn, dem späteren Kertarajasa, gestürzt, der die Mongolen zu seinem eigenen Vorteil nutzte und sie dann zum Rückzug zwang. Die Hauptstadt des Königreichs wurde nach Majapahit verlegt. Einige Jahre lang mussten der neue Herrscher und sein Sohn, die sich als Nachfolger von Kertanagara betrachteten, Aufstände auf Java unterdrücken; erst 1319 wurde die Autorität von Majapahit mit Hilfe des berühmten Soldaten Gajah Mada auf Java fest etabliert. Gajah Mada war der oberste Staatsbeamte während der Herrschaft von Kertanagaras Tochter Tribhuvana (ca. 1328-50), und in diesen Jahren wurde der javanische Einfluss auf Bali, Sumatra und Borneo wiederhergestellt. Kertanagaras Urenkel, Hayam Wuruk, wurde 1350 unter dem Namen Rajasanagara König.
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Die Herrschaft von Hayam Wuruk (1350-89) gilt im Archipel als die glorreichste Periode der javanischen Geschichte. Prapanchas Gedicht Nagarakertagama bietet einen seltenen Einblick in das Königreich aus der Sicht des 14. Jahrhunderts. Das Gedicht, das ursprünglich Desa warnana („Beschreibung des Landes“) hieß, beschreibt sich selbst als „literarischer Tempel“ und versucht zu zeigen, wie die königliche Göttlichkeit die Welt durchdringt, sie von Unreinheiten reinigt und alle dazu befähigt, ihre Verpflichtungen gegenüber den Göttern und damit gegenüber dem heiligen Land – dem nunmehr ungeteilten Königreich Java – zu erfüllen. Das Gedicht ähnelt eher einem Akt der Anbetung als einer Chronik. Der Dichter macht keinen Hehl aus seiner Absicht, den König zu verehren, und in der Tradition der javanischen Dichtung mag er es unter dem Eindruck einer frommen Meditation begonnen haben, die ihn mit der im König verkörperten Gottheit in Kontakt bringen sollte.
Die Kerngebiete des Staatswesens von Hayam Wuruk waren wahrscheinlich wesentlich umfangreicher als die seiner Vorgänger. Wichtige Territorialherren, die durch Heirat mit der königlichen Familie verbunden waren, wurden durch ihre Eingliederung in die Hofverwaltung unter Kontrolle gebracht. Obwohl ein Netz königlicher religiöser Stiftungen in der Hauptstadt zentriert war, bleibt unklar, ob eine stärker zentralisierte und dauerhafte Regierungsstruktur eingeführt wurde oder ob die Einheit des Reiches und die Autorität des Herrschers weiterhin vom persönlichen Prestige des Herrschers abhingen. Prapancha jedenfalls schrieb Hayam Wuruk kein unrealistisches Maß an Autorität zu, auch wenn sein Gedicht eine unverhohlene Darstellung der Attribute der königlichen Göttlichkeit und der Auswirkungen der göttlichen Herrschaft in Java ist. Auf ihren Reisen durch das Königreich machten die untergeordneten Beamten ihre königliche Autorität in Angelegenheiten wie Steuern und der Kontrolle religiöser Stiftungen geltend. Ein Zeichen für das Prestige des Königs war seine Entscheidung, eine Landvermessung vorzunehmen, um sicherzustellen, dass die Privilegien seiner Untertanen gewahrt blieben. In Ermangelung eines ausgeklügelten Verwaltungssystems wurde die Autorität der Regierung durch die Allgegenwärtigkeit ihrer Vertreter gestärkt, und niemand gab ein strengeres Beispiel ab als der König selbst. Laut Prapancha „hielt sich der Prinz nicht lange in der königlichen Residenz auf“, und ein Großteil des Gedichts ist ein Bericht über die königlichen Fortschritte. Auf diese Weise war Hayam Wuruk in der Lage, seinen Einfluss in unruhigen Gebieten geltend zu machen, Huldigungen von Territorialherren zu erzwingen, die Dorfältesten durch seine Besuche zu beruhigen, Landrechte zu überprüfen, Tribut einzutreiben, heilige Männer auf dem Lande zu besuchen, um seine eigene spirituelle Erleuchtung zu erlangen, und an heiligen Stätten des Mahayana, der Shaiviten und der alten Javaner zu verehren. Seine unermüdliche Reisetätigkeit bedeutete zumindest in den ersten Jahren seiner Herrschaft, dass viele seiner Untertanen die Gelegenheit hatten, in die Gegenwart eines Mannes zu kommen, den sie als das Gefäß der Göttlichkeit betrachteten.
Einer der interessantesten Abschnitte des Nagarakertagama betrifft die jährliche Neujahrszeremonie, bei der die reinigenden Kräfte des Königs durch die Verabreichung von Weihwasser verstärkt wurden. Die Zeremonie, an der gelehrte indische Besucher teilnahmen, ermöglichte es dem Dichter zu behaupten, dass die einzigen berühmten Länder Java und Indien seien, weil beide viele religiöse Experten enthielten. Zu keinem Zeitpunkt im Jahr wurde die religiöse Rolle des Königs nachdrücklicher anerkannt als zum Neujahrsfest, als die Honoratioren des Königreichs, die Gesandten der Vasallen und die Dorfvorsteher nach Majapahit kamen, um zu huldigen und an ihre Pflichten erinnert zu werden. Die Zeremonie endete mit Reden an die Besucher über die Notwendigkeit, den Frieden zu wahren und die Reisfelder zu pflegen. Der König erklärte, dass die Hauptstadt nur dann vor Angriffen „fremder Inseln“ sicher sei, wenn sie vom Land unterstützt werde.
Da das Gedicht den König verehrt, ist es nicht verwunderlich, dass mehr als 80 Orte des Archipels als Vasallengebiete bezeichnet werden und dass die Königreiche auf dem Festland, mit Ausnahme von Vietnam, unter dem Schutz des Königs stehen sollen. Prapancha, der glaubte, dass sich die Herrlichkeit des Königs in alle Richtungen erstreckte, beschrieb detailliert, was er als die Grenzen des relevanten Raums ansah. Nicht weniger als 25 Orte in Sumatra werden erwähnt, und auch die Molukken, deren Gewürze und andere Produkte eine Quelle des königlichen Reichtums waren, sind gut vertreten. Dagegen werden das nördliche Celebes (Sulawesi) und die Philippinen nicht erwähnt.
Zu Hayam Wuruks Lebzeiten war das javanische Prestige in Übersee zweifellos beträchtlich, obwohl der König von seinen wichtigeren Vasallen, wie dem Herrscher von Malayu in Sumatra, nicht mehr als Huldigung und Tribut verlangte. Als 1377 ein neuer Herrscher von Malayu es wagte, den Gründer der Ming-Dynastie in China um die Investitur zu bitten, überzeugten Hayam Wuruks Gesandte in Nanking den Kaiser, dass Malayu kein unabhängiges Land war. Der javanische Einfluss auf dem Archipel hing jedoch von der Autorität des Herrschers in Java selbst ab. Als Hayam Wuruk 1389 starb, sah der Herrscher von Palembang im Südosten Sumatras eine Gelegenheit, seinen Vasallenstatus aufzugeben. Er hatte zur Kenntnis genommen, dass die Ming-Dynastie das seit langem aufgegebene tributpflichtige Handelssystem wiederherstellte und chinesische Reisen nach Südostasien verbot, und vermutete, dass ausländische Händler im westlichen Indonesien wieder die Art von Entrepôt-Einrichtungen benötigen würden, die Srivijaya-Palembang Jahrhunderte zuvor geboten hatte. Er könnte sich sogar als Bodhisattva und Erbe der Maharadschas von Srivijaya ausgegeben haben. Die Javaner vertrieben ihn aus Palembang, und er floh nach Singapur und dann nach Malakka auf der Malaiischen Halbinsel.