In der letzten Hälfte des 16. Jahrhunderts wurde eine Reihe von daimyōs stark genug, um das Ashikaga-Shogunat entweder zu ihrem eigenen Vorteil zu manipulieren oder es ganz zu stürzen. Ein Versuch, das Bakufu (die japanische Bezeichnung für das Shogunat) zu stürzen, wurde 1560 von Imagawa Yoshimoto unternommen, dessen Marsch auf die Hauptstadt durch Oda Nobunaga in der Schlacht von Okehazama ein schmachvolles Ende fand. Im Jahr 1562 wurde der östlich an Nobunagas Gebiet angrenzende Tokugawa-Klan vom Imagawa-Klan unabhängig und verbündete sich mit Nobunaga. Der östliche Teil von Nobunagas Territorium wurde von diesem Bündnis nicht eingenommen. Nobunaga verlegte daraufhin seine Armee nach Westen. Im Jahr 1565 versuchte eine Allianz der Matsunaga- und Miyoshi-Clans einen Staatsstreich, indem sie Ashikaga Yoshiteru, den 13. Ashikaga shōgun. Interne Querelen hinderten sie jedoch daran, ihren Machtanspruch rasch zu legitimieren, und erst 1568 gelang es ihnen, Yoshiterus Cousin, Ashikaga Yoshihide, als nächsten shōgun einzusetzen. Da es ihnen jedoch nicht gelang, in Kyoto einzudringen und die Anerkennung des kaiserlichen Hofes zu erlangen, blieb die Nachfolge ungewiss, und eine Gruppe von Bakufu-Anhängern unter der Führung von Hosokawa Fujitaka verhandelte mit Nobunaga, um Unterstützung für Yoshiterus jüngeren Bruder Yoshiaki zu gewinnen.

Nobunaga, der sich über Jahre hinweg auf eine solche Gelegenheit vorbereitet hatte, indem er ein Bündnis mit dem Azai-Klan in der nördlichen Ōmi-Provinz einging und dann die benachbarte Mino-Provinz eroberte, marschierte nun auf Kyoto zu. Nachdem er den Rokkaku-Klan im südlichen Ōmi besiegt hatte, zwang Nobunaga die Matsunaga zur Kapitulation und die Miyoshi zum Rückzug nach Settsu. Dann zog er in die Hauptstadt ein, wo er erfolgreich die Anerkennung des Kaisers für Yoshiaki erwirkte, der der 15. und letzte Ashikaga shōgun wurde.

Nobunaga hatte jedoch nicht die Absicht, dem Muromachi bakufu zu dienen, und richtete seine Aufmerksamkeit stattdessen darauf, seinen Griff auf die Kinai-Region zu verstärken. Widerstand in Form von rivalisierenden Daimyōs, unnachgiebigen buddhistischen Mönchen und feindseligen Händlern wurde schnell und gnadenlos ausgeschaltet, und Nobunaga erwarb sich schnell den Ruf eines rücksichtslosen, unerbittlichen Gegners. Zur Unterstützung seiner politischen und militärischen Maßnahmen leitete er eine Wirtschaftsreform ein, bei der er Handelshemmnisse beseitigte, indem er die traditionellen Monopole von Schreinen und Zünften aufhob und die Initiative durch die Einführung freier Märkte, der so genannten rakuichi-rakuza, förderte.

Der neu eingesetzte shōgun Ashikaga Yoshiaki war ebenfalls äußerst misstrauisch gegenüber seinem mächtigen nominellen Gefolgsmann Nobunaga und begann sofort, ein Komplott gegen ihn zu schmieden, indem er eine breite Allianz aus fast allen daimyō bildete, die an das Oda-Reich angrenzten. Dazu gehörten Odas enger Verbündeter und Schwager Azai Nagamasa, der überaus mächtige Takeda Shingen sowie die Mönchskrieger des buddhistischen Tendai-Klosterzentrums am Berg Hiei in der Nähe von Kyoto (das das erste große Opfer dieses Krieges wurde, da es von Nobunaga vollständig zerstört wurde).

Während die Oda-Armee durch Kämpfe an allen Ecken und Enden in die Enge getrieben wurde, führte Takeda Shingen die damals als mächtigste Armee Japans geltende Armee an und marschierte auf den Heimatstützpunkt der Odas, Owari, zu, wobei er Nobunagas jungen Verbündeten und künftigen shōgun Tokugawa Ieyasu in der Schlacht von Mikatagahara mit Leichtigkeit vernichtete.

Als die Takeda-Armee jedoch kurz davor stand, die Oda-Tokugawa-Allianz auszulöschen, kam Takeda Shingen plötzlich unter mysteriösen Umständen ums Leben. (Für sein Ableben gibt es mehrere Erklärungsansätze: Tod durch Scharfschützen auf dem Schlachtfeld, Ninja-Attentat und Magenkrebs.) Nach dem plötzlichen Verlust ihres Anführers zog sich die Takeda-Armee rasch in ihre Heimatbasis in der Provinz Kai zurück, und Nobunaga wurde vor dem Untergang bewahrt.

Mit dem Tod von Takeda Shingen Anfang 1573 zerfiel die von Ashikaga Yoshiaki geschaffene „Anti-Oda-Allianz“ rasch, da Nobunaga in rascher Folge die Allianz des Asakura- und des Azai-Klans zerstörte, die seine Nordflanke bedrohte, und bald darauf den shōgun selbst aus Kyoto vertrieb.

Auch nach Shingens Tod gab es noch mehrere daimyōs, die mächtig genug waren, um Nobunaga zu widerstehen, aber keiner lag nahe genug an Kyoto, um eine politische Bedrohung darzustellen, und es schien, dass die Vereinigung unter dem Oda-Banner nur eine Frage der Zeit war.

Nobunagas Feinde waren nicht nur andere daimyōs, sondern auch Anhänger einer Jōdo Shinshū-Sekte des Buddhismus, die Ikkō-ikki besuchten, angeführt von Kennyo. Er hielt aus, obwohl Nobunaga seine Festung zehn Jahre lang immer wieder angriff. Nobunaga vertrieb Kennyo im elften Jahr, aber durch einen von Kennyo verursachten Aufstand erlitt Nobunagas Gebiet den größten Schaden. Dieser lange Krieg wurde Ishiyama-Hongan-ji-Krieg genannt.

Nobunaga interessierte sich sehr für fremde Kulturen, vor allem für die des westlichen Europas. Ein großer Teil der westlichen christlichen Kultur wurde von europäischen Missionaren in Japan eingeführt. Dadurch erhielt Japan neue Nahrungsmittel, eine neue Zeichenmethode, Astronomie, Geographie, medizinische Wissenschaft und neue Drucktechniken. Vor allem aber versorgte der Handel mit Europa Nobunagas Armeen mit neuen Waffen, darunter das Luntenschlossgewehr oder die Arkebuse.

Nobunaga beschloss, die Macht der buddhistischen Klöster zu beschneiden, und gewährte dem Christentum Schutz, obwohl er selbst nie zum Christentum konvertierte. Er schlachtete viele buddhistische Priester ab, die sich ihm widersetzten, und brannte ihre befestigten Tempel nieder.

Die Aktivitäten europäischer Händler und katholischer Missionare (Alessandro Valignano, Luís Fróis, Gnecchi-Soldo Organtino und viele Missionare) in Japan, nicht weniger als die japanischen Unternehmungen in Übersee, gaben der Zeit einen kosmopolitischen Anstrich.

In der Zeit von 1576 bis 1579 errichtete Nobunaga am Ufer des Biwa-Sees in Azuchi die Burg Azuchi, ein prächtiges siebenstöckiges Schloss, das nicht nur als uneinnehmbare militärische Festung dienen sollte, sondern auch als prächtige Residenz, die als Symbol der Einigung stehen sollte.

Nachdem Nobunaga die Kinai-Region fest im Griff hatte, war er nun mächtig genug, um seine Generäle mit der Unterwerfung der entlegenen Provinzen zu beauftragen. Shibata Katsuie erhielt die Aufgabe, den Uesugi-Clan in Etchū zu erobern, Takigawa Kazumasu stellte sich der Shinano-Provinz, die von einem Sohn des Shingen Takeda Katsuyori regiert wurde, und Hashiba Hideyoshi erhielt die gewaltige Aufgabe, sich dem Mōri-Clan in der Chūgoku-Region im Westen von Honshū zu stellen.

Im Jahr 1575 errang Nobunaga einen bedeutenden Sieg über den Takeda-Klan in der Schlacht von Nagashino. Trotz des guten Rufs der Samurai-Kavallerie der Takeda setzte Oda Nobunaga die relativ neue Technologie des Arkebus ein und fügte ihnen eine vernichtende Niederlage zu. Das Vermächtnis dieser Schlacht erzwang eine vollständige Überarbeitung der traditionellen japanischen Kriegsführung.

Im Jahr 1582, nach einem langwierigen Feldzug, bat Hideyoshi Nobunaga um Hilfe bei der Überwindung des hartnäckigen Widerstands. Nobunaga, der auf seinem Weg nach Westen mit nur einem kleinen Kontingent an Wachen in Kyoto Halt machte, wurde von einem seiner eigenen unzufriedenen Generäle, Akechi Mitsuhide, angegriffen und beging Selbstmord.