MODELLER wird für die homologische oder vergleichende Modellierung dreidimensionaler Strukturen von Proteinen verwendet (1,2). Der Benutzer stellt ein Alignment einer zu modellierenden Sequenz mit bekannten verwandten Strukturen zur Verfügung und MODELLER berechnet automatisch ein Modell, das alle Nicht-Wasserstoffatome enthält. MODELLER implementiert die vergleichende Proteinstrukturmodellierung durch die Erfüllung räumlicher Beschränkungen (3,4) und kann viele zusätzliche Aufgaben ausführen, einschließlich der de novo-Modellierung von Schleifen in Proteinstrukturen, der Optimierung verschiedener Proteinstrukturmodelle im Hinblick auf eine flexibel definierte Zielfunktion, des mehrfachen Alignments von Proteinsequenzen und/oder -strukturen, des Clustering, der Suche in Sequenzdatenbanken, des Vergleichs von Proteinstrukturen usw. MODELLER steht für die meisten Unix/Linux-Systeme, Windows und Mac zum Download bereit.

Viele grafische Schnittstellen zu MODELLER sind kommerziell erhältlich. Es gibt auch viele andere Ressourcen und Leute, die Modellerin grafischen oder Web-Schnittstellen oder anderen Frameworks verwenden.

1. B. Webb, A. Sali. Comparative Protein Structure ModelingUsing Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc. 5.6.1-5.6.37, 2016.
2. M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Vergleichende Proteinstrukturmodellierung von Genen und Genomen.Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
3. A. Sali & T.L. Blundell.Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
4. A. Fiser, R.K. Do, & A. Sali.Modeling of loops in protein structures, Protein Science 9. 1753-1773,2000.

Die aktuelle Version von Modeller ist 10.1, die am 18. März 2021 veröffentlicht wurde. Modeller wird derzeit von Ben Webb gepflegt.