Der Name „Óbidos“ ist eine latinisierte (oppidum, Zitadelle) Ableitung des älteren keltischen „Eburobricio“. Die Gemeinde entstand aus einer römischen Siedlung an den Ausläufern eines hochgelegenen Steilhangs. Die Region von Óbidos, die sich vom Atlantik bis ins Innere der Provinz Estremadura entlang der Flüsse und Seen erstreckt, ist seit dem späten Paläolithikum besiedelt. Die frühen keltischen Stämme errichteten eine Siedlung, die später ein Handelszentrum für die Phönizier war. Archäologische Funde am Sockel des mittelalterlichen Turms (südlich von Facho) der Burg von Óbidos deuten auf eine römische Konstruktion hin, die mit einem Vorposten der römischen civitas von Eburobrittium verbunden war, einem großen Stadtgebiet, das derzeit ausgegraben wird. Bei archäologischen Untersuchungen wurden in der Nähe der Siedlung die Überreste eines Forums, von Thermen und anderen römischen Bauten gefunden.
Nach dem Fall Roms geriet die Region unter den Einfluss der Westgoten, obwohl genaue Aufzeichnungen fehlen. Die römische Stadt Eburobrittium wurde im 5. Jahrhundert zugunsten der sichereren Hügelkuppe aufgegeben, auf der sich heute die Hauptsiedlung befindet. Irgendwann nach 713 errichteten die Mauren eine Festung auf diesem Berg, während in der Nähe von Moncharro eine christliche Gemeinschaft von Mozarabiern lebte.
Das Gebiet wurde 1148 vom ersten König von Portugal, Afonso Henriques, von den Mauren erobert. Die Überlieferung besagt, dass ein Ritter, Gonçalo Mendes da Maia, für die erfolgreiche Erstürmung der maurischen Burg verantwortlich war. Die Rückeroberung von Óbidos war nach der Besiedlung von Santarém, Lissabon und Torres Vedras die letzte Etappe auf dem Weg zur Eroberung der Provinz Estremadura. Nach der Eroberung der Region erhielt die Siedlung 1195 unter der Herrschaft von König Sancho I. ihr erstes Foral. 1210 verlieh König Afonso II. der Königin Urraca den Titel dieses Dorfes. Seitdem stand Óbidos oft unter der Schirmherrschaft der portugiesischen Königinnen, was zu seinem informellen Titel Vila das Rainhas (dt.: Stadt der Königinnen) führte; mehrere königliche Gemahlinnen bereicherten das Dorf vom Mittelalter bis ins 16. Jahrhundert mit Schenkungen.
Die Burg und die Mauern von Óbidos wurden während der Herrschaft von König Dinis I. umgebaut. Zum Zeitpunkt des ersten Umbaus war die Siedlung auch über die Tore der Burg hinaus gewachsen.
Die Kirche Santa Maria in Óbidos war Schauplatz der Hochzeit von König Afonso V. mit seiner Cousine, Prinzessin Isabella von Coimbra, am 15. August 1441, als beide noch Kinder im Alter von 9 bzw. 10 Jahren waren. Zu den Verwaltungsreformen, die König Manuel I. 1513 in Óbidos durchführte, gehörten die Einführung einer förmlichen Urkunde und eine umfassende Neugestaltung des Stadtgebiets.
Das Erdbeben von 1755 verursachte Schäden an den Dorfmauern, einigen Kirchen und vielen Gebäuden und führte zum Verlust von Architektur arabischer oder mittelalterlicher Inspiration. Auch die Halbinselkriege wurden in der Nähe von Óbidos ausgetragen, darunter die Schlacht von Roliça. In jüngerer Zeit war das Dorf ein Regierungszentrum und ein Treffpunkt für die Teilnehmer der Nelkenrevolution von 1974, was es mit dem Aufstand der bewaffneten Streitkräfte in Verbindung bringt.