I begyndelsen af 1960 var Ruby et af de seks sorte børn i New Orleans, der bestod testen for at afgøre, om de kunne gå på den hvide William Frantz Elementary School. To af de seks besluttede at blive på deres gamle skole, Ruby gik alene i skole, og tre børn blev overflyttet til McDonogh nr. 19 og blev kendt som McDonogh Three. Ruby og hendes mor blev eskorteret til skolen af op til fire føderale marshals i hele det første år.
Rubys far var i begyndelsen tilbageholdende, mens hendes mor følte et behov for ikke blot at give sin datter en bedre uddannelse, men også for at “tage dette skridt fremad … for alle afroamerikanske børn.” Kvinden overtalte til sidst sin mand til at lade hende gå i skole.
Dommer J. Skelly Wrights afgørelse om den første dag med integrerede skoler i New Orleans den 14. november 1960 blev mindet af Norman Rockwell i hans maleri The Problem We All Live With (offentliggjort i Look den 14. januar 1964). Som Ruby selv beskriver det: “Da jeg gik op, kunne jeg se mængden, men da jeg boede i New Orleans, troede jeg faktisk, at det var Mardi Gras. Der var en stor menneskemængde uden for skolen. De kastede med ting og råbte, og den slags sker i New Orleans i forbindelse med Mardi Gras.” Den tidligere vicemarskal Charles Burks huskede: “Han udviste en masse mod. Han græd eller klynkede aldrig. Så snart Ruby blev optaget på skolen, trak hvide forældre deres børn ud af skolen, og alle lærere nægtede at arbejde, så længe der var et sort barn indskrevet. Kun én person indvilligede i at undervise Ruby: Barbara Henry fra Boston, Massachusetts. I over et år underviste Barbara Henry en klasse, der kun bestod af Ruby Bridges, “som om hun underviste en hel klasse”.
Den første dag tilbragte Ruby og hendes voksne ledsagere hele dagen på rektors kontor, og det kaos, der opstod under protesterne, forhindrede dem i at gå i skole før den anden dag. På den anden dag brød en hvid elev imidlertid boykotten og gik ind på skolen. Han var en 34-årig metodistpræst, Lloyd Anderson Foreman, som gik med sin 5-årige datter Pam gennem den vrede menneskemængde og sagde: “Jeg vil bare have det privilegium at tage min datter med i skole. Et par dage senere begyndte andre hvide forældre at tage deres børn med, og protesterne begyndte at aftage. Hver morgen, når Ruby gik i skole, truede en kvinde med at forgifte hende. Derfor tillod de US Marshalls, der var sendt af præsident Eisenhower, som overvågede broernes sikkerhed, Ruby kun at spise den mad, hun havde medbragt hjemmefra.
Børnepsykiater Robert Coles meldte sig frivilligt som rådgiver for Ruby i hendes første år på Frantz. De mødtes ugentligt i Rubys hjem og skrev senere en børnebog, The Story of Ruby Bridges, for at skabe opmærksomhed om Rubys historie.
Rubys familie led under beslutningen om at sende hende til William Frantz Elementary: hendes far mistede sit arbejde, den købmand, hvor familien altid havde handlet, tillod ikke længere, at de kunne handle, og hendes bedsteforældre, som var andelshavere i Mississippi, blev frataget deres jord. Ruby bemærkede, at mange andre i lokalsamfundet, både sorte og hvide, viste støtte på forskellige måder: nogle hvide familier fortsatte med at sende deres børn til Frantz på trods af protester, en nabo skaffede hendes far et nyt job, og lokale babysittere betragtede hende og familiemedlemmer som beskyttere, så meget at de gik bag de føderale marshallers biler på skoleture.