Klinisk medicin er primært dækket af Bodleian Health Care Libraries på fire forskellige steder, der indeholder samlinger af aktuelt materiale. Bodleian Health Care Libraries betjener både universitetet og det lokale NHS-personale. Specialiteterne er som følger:

Cairns Library, John Radcliffe Hospital: Akut almen medicin/kirurgi (alle fagområder), obstetrik og gynækologi, pædiatri, geratologi, aids, neurovidenskab, øre-næse-halslægevidenskab, oftalmologi og kursusbøger.

Knowledge Centre, Old Road Campus Research Building: Epidemiologi, evidensbaseret sundhedspleje, sundhedspolitik, folkesundhedsmedicin, statistik, diabetes, onkologi, strålebehandling.

NOC Library, Nuffield Orthopaedic Centre: Orthopaedics, Musculoskeletal Sciences, Rheumatology, Neurological Diseases and Neurorehabilitation, Orthotics, Prosthetics, Physiotherapy, Occupational Therapy, Health Management, and Nursing.

Horton Library, Horton General Hospital: General Medicine, Obstetrics and Gynaecology, Nursing and Midwifery, Neonatology, Gastroenterology and Hepatology, Paediatrics, Gerontology, Cardiology, Respiratory Medicine, Trauma and Orthopaedics, Endocrinology, Psychiatry and Mental Health, Psychology, Emergency Medicine, Intensive Care Medicine, Surgery and Anaesthetics, Pathology, Microbiology, and Health Management.

Non-clinical medicine is primarily served by the Radcliffe Science Library. Dets omfattende samlinger inden for biovidenskab og medicin stammer fra det 19. århundrede, herunder lovpligtigt deponeret og indkøbt materiale af både historisk og nutidig interesse. Det samler det lovpligtige deponerede materiale inden for klinisk medicin samt lovpligtigt deponeret og indkøbt materiale inden for ikke-kliniske emner som f.eks. eksperimentel psykologi, human anatomi og genetik, fysiologi, patologi og farmakologi.