MODELLER anvendes til homologimodellering eller sammenlignende modellering af tredimensionale proteinstrukturer (1,2). Brugeren tilvejebringer en tilpasning af en sekvens, der skal modelleres, med kendte beslægtede strukturer, og MODELLER beregner automatisk en model, der indeholder alle ikke-hydrogenatomer.MODELLER gennemfører sammenlignende proteinstrukturmodellering ved at opfylde rumlige begrænsninger (3,4) og kan udføre mange yderligere opgaver, herunder de novo-modellering af loops i proteinstrukturer, optimering af forskellige modeller af proteinstruktur med hensyn til en fleksibelt defineret målfunktion, multipel tilpasning af proteinsekvenser og/eller -strukturer, klyngedannelse, søgning af sekvensdatabaser, sammenligning af proteinstrukturer osv. MODELLER kan downloades til de fleste Unix/Linux-systemer, Windows og Mac.

Der findes flere grafiske grænseflader til MODELLER i handlen. Der findes også mange andre ressourcer og personer, der bruger MODELLER i grafiske eller webgrænseflader eller andre rammer.

1. B. Webb, A. Sali. Comparative Protein Structure ModelingUsing Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc., 5.6.1-5.6.37, 2016.
2. M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Comparative protein structure modelling of gene and genomes.Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
3. A. Sali & T.L. Blundell.Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
4. A. Fiser, R.K. Do, & A. Sali.Modellering af loops i proteinstrukturer, Protein Science 9. 1753-1773,2000.

Den aktuelle version af Modeller er 10.1, som blev udgivet den 18. marts 2021. Modeller vedligeholdes i øjeblikket afBen Webb.