Oder udspringer i distriktet Goslar i hjertet af Harzbjergene. Dens udspring ligger i den sydlige del af Brockenfeld ca. 1,3 km nord for Achtermannshöhe. Flodens udspring kaldes Odersprung eller “Oderspring.”

På Brockenfeld, der ligger tæt på Odersprung, har floderne Abbe, Große Bode, Ecker og Kalte Bode også deres respektive udspring. På dens rand ligger den gamle grænsesten Dreieckiger Pfahl.

Når Oder passerede under forbundsvejen B 4 i Oderbrück i øst-vestlig retning, opdæmmes den for første gang vest for landsbyen i Oderteich, hvor den bugter sig mod syd. Nogle få kilometer længere nede ad floden opdæmmes floden for anden gang ikke langt sydvest for Odertaler Sägemühle (Odertaler Sägemühle) af Oder-dæmningen. Herefter løber floden gennem Bad Lauterberg og forlader Harzen.

I Bad Lauterberg svinger Oder mod vest og løber gennem Pöhlde og Hattorf am Harz, passerer nord for Rotenberg-kammen og når frem til Wulften. I Hattorf samler den sig med Sieber-floden, der kommer fra nordøst, inden den udmunder i Rhume (en biflod til Leine) i Katlenburg fra øst.

Mellem Scharzfeld og Katlenburg løber Oder gennem naturreservatet Oderaue.