1999-2004: Onset of Putrefaction og EpitaphEdit

Necrophagist’s debutalbum Onset of Putrefaction har været udsolgt i årevis. Percussionen på albummet blev håndteret af en trommemaskine. Til sidst blev der lavet en ny udgave med trommesamples indspillet af Hannes Grossmann. Alle de gamle guitar-, basguitar- og vokalspor blev mixet sammen med de helt nye trommesamples. Genudgivelsen indeholder også to sange fra Necrophagist’s selvbetitlede demobånd fra 1995. Hele albummet blev også engineered af den mangeårige Necrophagist-ingeniør og producer Christoph Brandes i The Iguana Studios. Det blev masteriseret af Bob Katz hos “Digital Domain” i Orlando, Florida. Genudgivelsen blev udgivet i 2004 af Willowtip i USA/Canada og Relapse i resten af verden. I august 2001 optrådte Necrophagist på Brutal Assault open air-festivalen i Tjekkiet. Bandet vendte også tilbage for at optræde i årene 2003, 2005 og 2010.

2004-2012: Turnevirksomhed og fortsatte ændringer i besætningenRediger

Den 10. februar 2006 blev det annonceret, at Christian Münzner havde forladt bandet på grund af tidsmæssige konflikter. Senere sluttede han sig til dødsmetalbandet Obscura. Der blev fundet en erstatningsguitarist, Sami Raatikainen, som er fra Helsinki, Finland. Sami spiller også i bandet Codeon.

I 2006 foretog bandet en amerikansk turné under navnet “Carving North America’s Epitaph”. Necrophagist havde på denne turné selskab af Arsis, Alarum, Neuraxis, Ion Dissonance, Cattle Decapitation og Thine Eyes Bleed. Sammen med Dying Fetus var de support for Cannibal Corpse på deres USA-turné i efteråret, som også omfattede nogle canadiske spillesteder.

I 2007 annoncerede bandet på sin Myspace-profil, at trommeslager Hannes Grossmann efter Metalfest i Californien i 2007 ville forlade bandet. Hannes erklærede, at han ikke var i stand til at forpligte sig til bandets fuldtidsturnéplan. Marco Minnemann (som har spillet med Paul Gilbert, Terry Bozzio og Chad Wackerman) blev den officielle permanente erstatning for Hannes.

Necrophagist var en af hovednavnene på The Summer Slaughter Tour i 2007, som havde en lang række andre ekstreme metalbands med, herunder Decapitated, Arsis, The Faceless, Cephalic Carnage, As Blood Runs Black og Cattle Decapitation.

I april 2008 annoncerede Necrophagist, at Romain Goulon ville slutte sig til bandet som ny trommeslager og erstatte Minnemann, som stadig ville arbejde sammen med Suiçmez på et sideprojekt.

Necrophagist spillede på “Pillage the Village Tour” i 2008 fra den 26. august 2008 til den 10. september 2008 med dødsmetalbands som Dying Fetus og Beneath the Massacre. Shows i nogle områder omfattede også Carcass, Suffocation, 1349 og Aborted.

I 2008 begyndte Necrophagist arbejdet på deres næste album med den nye trommeslager Romain Goulon. Ifølge rygter var to mulige navne “The Path to Naught” og “Death to the Faithful”. Suiçmez udtalte, at bandet ville bruge syvstrengede guitarer på albummet. Muhammed selv vil indspille med en ny custom shop Ibanez Xiphos guitar med 7 strenge, samt 27 bånd. Sami Raatikainen er nu en Ibanez Guitar endorser og bruger en 7-strenget RG-Series guitar på scenen.

2012-: HiatusRediger

I 2012 er det ukendt, om Necrophagist stadig er aktive, eller om de har planer om at udgive en opfølger til Epitaph. Dette har ført til en stor mængde spekulationer fra fans, der er forvirrede over den lange ventetid på albummet. I en udtalelse fra august 2012 udtalte den tidligere trommeslager Marco Minnemann dog, at der faktisk er fremskridt med et nyt album, idet han sagde: “Jeg ved, at folk venter så meget på det nye Necro-album. Muhammed er en meget nær ven af mig, og jeg ved, at han virkelig er optaget af at levere det bedst mulige album. Men jeg ved personligt, at der er fremskridt….hang derinde, jeg er sikker på, at han vil levere varen.”

Den 11. september 2013 udsendte trommeslager Romain Goulon en erklæring om, at Necrophagist stadig er aktive og forsøger at indspille et nyt album, men der var dog ingen indikation af, hvornår det ville blive udgivet. Den 4. april 2016 svarede Goulon så på en kommentar på Facebook og udtalte: “We’re looking for a coffin to mourn the dead”, hvilket antydede, at Necrophagist ikke ville gå videre som band.