'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

Oversættelsen gengiver trofast alt indhold i kildedatabasen, selv hvor dette er i strid med OBO-retningslinjerne. For eksempel:

• Rodklassen kaldes “root”, i stedet for noget som “organism”
• Pluralnavne anvendes (både linnaeanske og almindelige navne). F.eks. “pattedyr”
• Det kan være omstridt, at visse klasser er organismer – enten biologisk (“virus”) eller ontologisk (“miljøprøver”)
• Synonymer kan indeholde anførselstegn som en del af teksten

PURL’er

Purl’erne for denne ontologi er:

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (officiel purl for ontologi)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (obo-format version)

PURL’erne skal kunne opløses i OntoBee. F.eks.

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Releases

Releases af obo/owl sker, når Continuous IntegrationJob’et er manuelt udløst. I øjeblikket skal dette gøres af en OBO-administrator. Der er i øjeblikket ingen fast cyklus, og dette sker generelt efter behov. Dethold, der uformelt håndterer dette, er:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Kontakt maillisten (se nedenfor) for kommentarer til dette.

Udvidelser

GO anvender en udvidelse af NCBITaxon til grupperingsformål. Se:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

Denne ontologi indeholder nye klasser i NCBITaxon_Union-navneområdet. Disse klasser er alle defineret ved hjælp af unioner – for eksempel Prokaryote = Eubacteria OR Archae

Taxon Constraints

En af de vigtigste anvendelser for NCBITaxon-ontologien er at definere taxonbegrænsninger i en ontologi med flere arter. For nærmere oplysninger, se:

• Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., and Mungall, C. J. (2010). Formalisering af taxonbaserede begrænsninger for at opdage inkonsekvenser i annotation og ontologiudvikling. *BMC Bioinformatics 11, 530**
• Taxonbegrænsninger i OWL (blogindlæg)
• Taxonbegrænsninger i Uberon
• En taksonomi for immunologer ICBO 2013

Mailinglister

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Bemærk, at dette adskiller sig fra andre OBO-ontologier ved, at det er en oversættelse af en database, der er produceret eksternt til OBO. Hvis du ønsker at foreslå egentlige taksonomiske ændringer i databasen, skal du kontakte NCBI.

NCBI’s personale er meget lydhøre og hjælpsomme, som dette indlæg fra Bgee-holdet viser

Hvis du ønsker at foreslå ændringer i oversættelsen, skal du kontakte den ansvarlige for oversættelsen eller ovenstående mail-liste.

Citering af NCBITaxon-ontologien

Hvor du citerer, skal du spørge dig selv, hvad det artefakt, du ønsker at citere, er:

• Den NCBI-taksonomidatabase
• OBO/OWL-rendering af NCBI-taksonomidatabase

Den sidstnævnte er en ret triviel oversættelse af den førstnævnte. Hvis du på nogen måde citerer indholdet, så skal du citere databasen. I øjeblikket er den mest opdaterede reference:

• Federhen, Scott. The NCBI taxonomy database. Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Hvis du specifikt ønsker at citere OBO/OWL-oversættelsen, skal du bruge URL’en for denne side

Produkter

ncbitaxon.owl	Hovedudgave
ncbitaxon.obo	OBO Format version af hovedudgaven
ncbitaxon/subsets/taxslim.owl	taxslim
ncbitaxon/subsets/taxslim-disjoint-over-in-taxon.owl	taxslim disjointness axioms