Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, tidligere Not Another Molecular Dynamics Program) er computersoftware til molekylær dynamiksimulering, der er skrevet ved hjælp af den parallelle programmeringsmodel Charm++. Det er kendt for sin parallelle effektivitet og bruges ofte til at simulere store systemer (millioner af atomer). Det er blevet udviklet i samarbejde mellem Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) og Parallel Programming Laboratory (PPL) ved University of Illinois at Urbana-Champaign.

Nanoscale Molecular Dynamics

Udvikler(e)

University of Illinois at Urbana-Champaign: Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB), Parallel Programming Laboratory (PPL)

Initial release

1995; 26 år siden

Stable release

Repositorium

Skrevet i

C++

Operationssystem

Tværplatform: Windows, Linux, macOS, Unix

Platform

x86, x86-64

Fås på

Engelsk

Type

Molekylær dynamiksimulering

Licens

Proprietært, freeware til ikke-kommerciel brug

Websted

www.ks.uiuc.edu/Research/namd

Det blev introduceret i 1995 af Nelson et al. som en parallel molekylærdynamikkode, der muliggør interaktiv simulering ved at linke til visualiseringskoden VMD. NAMD har siden da modnet, tilføjet mange funktioner og skaleret ud over 500.000 processorkerner.

NAMD har en grænseflade til kvantekemipakkerne ORCA og MOPAC, samt en scriptet grænseflade til mange andre kvantepakker. Sammen med Visual Molecular Dynamics (VMD) og QwikMD giver NAMD’s grænseflade adgang til hybride QM/MM-simuleringer i en integreret, omfattende, tilpasselig og brugervenlig suite.

NAMD er tilgængelig som freeware til ikke-kommerciel brug af enkeltpersoner, akademiske institutioner og virksomheder til intern forretningsbrug.