Og selv om størstedelen af sangene på My Brain Hurts var skrevet af Weasel, ligesom materialet på bandets tidligere album, begyndte han også at samarbejde mere med Vapid og mindre med Jughead. Den eneste sang på albummet, der krediterer Jughead som medforfatter, er “Fathead”, hvis oprindelige version tidligere optrådte på Punkhouse EP’en. Set i bakspejlet ville Weasel kalde Vapid for “den eneste person, som jeg følte mig tryg ved at skrive sange sammen med.”
Guitarleaden til “Guest List” blev oprindeligt skrevet af Vapid til en Sludgeworth-sang, men den “fungerede bare ikke”, mens omkvædet “poppede ind i mit hoved”, da han kørte gennem Roscoe Village i North Center, Chicago, kort før bandet skulle indspille albummet. Under en tur til Olympia, Washington, viste Vapid det, han havde skrevet, til Weasel, som kombinerede lead- og omkvædsidéen til én sang. Weasel bragte også lead’en en oktav op, hvilket efter sigende var et “hat tip til de lokale helte Naked Raygun”. Weasel skrev det meste af teksten til sangen, men sagde, at “‘Now I get to watch her dance like the other weirdos do’ was a line that only could’ve come from Vapid.”
Ifølge Vapid startede “Veronica Hates Me” som et spil på Material Issue-sangen “Valerie Loves Me”. “På det tidspunkt havde vi vel dårlig vilje over for deres sanger, Jim Ellison, fordi han havde snydt os ved et show, som han promoverede”, udtalte Vapid. Mens han skrev sangen, sagde Weasel, at han “forsøgte at tage de standardakkorder, der blev brugt i gammel rock ‘n’ roll og opdateret af Ramones, og dreje dem lidt rundt”. Weasel erklærede, at da han begyndte at skrive sangen, lavede han en regel om, at han ikke ville “gå uden for de fire standardakkorder, der bruges i den stil af sange”. “I pausen brugte jeg et traditionelt arrangement for at give lytteren det, som jeg antog, at de ville have, efter at jeg havde holdt ud i det meste af sangen”, sagde han. På trods af, at den ikke var skrevet sammen med Vapid, sagde Weasel, at han skrev sangen “med ham i tankerne” og forklarede, at “nogle af mine bedste sange fra denne tid udelukkende kom ud af mit ønske om at skrive sange, der ville imponere ham.”
Weasel har udtalt, at han “havde det sjovt med at arrangere ‘I Can See Clearly'” og indrømmede, at “det var første gang, jeg havde lavet et ordentligt arrangement af en andens sang, og jeg var meget tilfreds med resultatet.” Gruppens arrangement indeholdt dog ikke broen fra originalen. “Vores version berettigede ikke rigtig til en bridge, så jeg erstattede den med den indledende guitarlead, som så ændrede sig til en melodisk lead i de sidste fire takter”, sagde Weasel.
“The Science of Myth” var delvist inspireret af PBS-dokumentaren Joseph Campbell and the Power of Myth fra 1988. Weasel erklærede, at han “blev interesseret i anvendelsen af åndelige overbevisninger” efter at have set den og forsøgte at skrive og arrangere sangen i en stil, “som foretrækkes af den type punkband, der typisk ville skrive anti-religions-sange”. Han var også inspireret af The Mr. T Experience-sangen “The History of the Concept of the Soul” og sagde, at han “ville forsøge at gøre noget lignende ved at skrive noget, der ligner Cliff’s Notes-versionen af et essay, og få det til at flyde i stedet for at skrive det på den måde, som en konventionel rocktekst gør.” Oprindeligt diskuterede Weasel at lade være med at lægge sangen på albummet, idet han sagde, at den virkede “lidt malplaceret”, men besluttede senere at medtage den, efter at den var blevet indspillet.