Mr. Sub blev grundlagt i Toronto, Canada, i 1968 af to venner, Jack Levinson, en regnskabsassistent, og Earl Linzon, en gymnastiklærer, med en startkapital på 1.500 dollars. Stifterne havde til formål at sælge kvalitetsmad, servere den hurtigt, gøre den frisk og frem for alt give kunderne værdi for pengene.

Den første Mr. Sub-restaurant, der dengang hed Mr. Submarine, åbnede på 130 Yorkville Avenue i stueetagen i et ombygget victoriansk rækkehus. Efter en positiv respons åbnede de to grundlæggere en anden restaurant fem måneder senere.

I 1972 solgte Mr. Submarine sin første franchise og blev officielt til Mr. Sub i 1990.

Efter midten af 1990’erne gik Mr. Sub i tilbagegang på grund af indførelsen af Subway-franchisen i Canada. Der blev i 2005 spekuleret i, at Michael Bregman, den tidligere ejer af kaffekæden Second Cup, overvejede et køb af kæden. Andre navne, der er blevet nævnt som mulige bejlere, omfatter Swiss Chalet-moderen Cara Operations og KFC-operatøren Priszm Canadian Income Fund. Donutkæden Country Style var kortvarigt interesseret i MR.SUB i 2005.

Den 18. august 2011 meddelte MTY Food Group, som på det tidspunkt ejede Country Style, at den ville overtage Mr. Sub i slutningen af oktober 2011 for 23 mio. dollar.

Mr. Sub var oprindeligt den eneste store franchisetager af submarinesandwiches i Canada, indtil de amerikanske kæder som Subway kom til. Den står nu over for hård konkurrence fra flere quick service-mærker, der overlever i små byer/på landet, og almindelige take-out-steder, der altid har serveret sandwichen.