Omkring 2000 fuldstændigt sekventerede mitochondriale genomer er tilgængelige fra NCBI RefSeq-databasen sammen med manuelt kuraterede annotationer af deres protein-kodende gener, rRNA’er og tRNA’er. Disse annotationsoplysninger, som er akkumuleret i løbet af to årtier, er opnået ved hjælp af en række forskellige beregningsværktøjer og annotationsstrategier. Trods alle bestræbelser på manuel kuratering er de stadig plaget af fejltildelinger af læseretninger, fejlagtige gennavne og manglende og falske positive annotationer, især for RNA-generne. Samlet set skaber dette betydelige problemer for fuldautomatiske pipelines, der har til formål at anvende disse data omfattende til undersøgelser af dyrs fylogenetik og den molekylære evolution af mitogenomer. MITOS-pipelinen er designet til at beregne en konsistent de novo-annotation af de mitogenomiske sekvenser. Vi viser, at resultaterne af MITOS matcher RefSeq og MitoZoa med hensyn til annotationsdækning og -kvalitet. Samtidig undgår vi skævheder, inkonsekvenser i nomenklaturen og skrivefejl, der stammer fra manuelle kurateringsstrategier. MITOS-pipelinen er tilgængelig online på http://mitos.bioinf.uni-leipzig.de.