Den første mistanke blandt teoretikere faldt på Edwin Decker, som havde et kortvarigt romantisk møde med Michelle to nætter før hendes lig blev fundet. Mistanken blev rettet mod Decker, efter at han havde skrevet et mystisk, morbidt digt om Michelle efter hendes død.

En anden potentiel mistænkt blev afsløret, da en medarbejder i en kontorforsyningsbutik, hvor Michelle tidligere havde arbejdet, så en mand lave flere kopier af den originale obduktionsrapport kort efter efterforskningen var afsluttet. Denne medarbejder hævdede, at manden havde en motorcykel. Denne sidste mistænkte teori hænger sammen med en stalker på arbejdspladsen, som Michelle engang klagede over, og som også ejede en motorcykel.

Det faktum, at hendes tøj aldrig blev fundet, og at hendes taske med penge og andre ting intakte blev fundet på et tydeligt sted ikke langt væk, bidrager yderligere til spekulationerne om et muligt mordscenarie.

På opfordring af Edwin Decker og journalisten Neal Matthews blev Michelles obduktionsrapport i 2008 gennemgået af den nye ledende retsmediciner Glen Wagner, der ifølge en artikel af Decker konkluderede, at der tilsyneladende var nogle tvivlsomme beviser, men ikke nok til at berettige en ændring af hendes dødsattest.

Michelles sag blev profileret på Buzzfeed Unsolved, en krimiserie på YouTube, der gennemgår detaljerne i hendes sag. Værterne Ryan Bergara og Shane Madej bemærkede mistænkelige detaljer i Michelles obduktion og udviklede tre primære teorier for Michelles død: 1. At Michelle faktisk blev angrebet af en haj, 2. at Michelle hoppede og senere blev fodret af hajerne, eller 3. at Michelle blev myrdet, måske af en afvist kærlighedsinteresse eller af en unavngiven stalker.

Mens den fremherskende opfattelse er, at von Emster blev offer for et hajangreb, havde myndighederne på stedet aldrig undersøgt et dødsfald ved hajangreb før og var derfor måske ikke kvalificeret til at udtale sig om dødsårsagen. Desuden hævdede nogle eksperter, da de senere fik liget at se, at skaderne ikke svarede til målene på en stor hvid haj. Officielt er sagen lukket, men sagen om Michelle von Emsters død er fortsat et mysterium for dem, der ikke er enige i den officielle dødsårsag: et angreb af en stor hvid haj.

På nuværende tidspunkt anerkender Global Shark Attack File ikke von Emsters hændelse som et dødeligt hajangreb.