Mayer blev født i Bethesda, Maryland, som søn af de jødiske forældre Jerry og Louise Mayer (født 1936). Til sin bar mitvah bad han sine forældre om et filmkamera og fik et Super 8 enkeltobjektiv med zoom. Hans første film var en dramatisering af “The Night the Lights Went out in Georgia”. Efter at have afsluttet Charles W. Woodward High School studerede han på University of Wisconsin, inden han skiftede til at studere skuespil på New York University (NYU)’s Graduate Acting Program på Tisch School of the Arts, hvor han opnåede en MFA i teater i 1983. Han begyndte at optræde på scenen i New York City og medvirkede i stykker som Tony Kushners A Bright Room Called Day, men i 1990 havde han vendt sine bestræbelser mod at instruere og arbejdede som freelancer, samtidig med at han underviste på NYU, Lincoln Center Theater Institute og Juilliard School. Han var også assisterende instruktør på Kushners Hydriotaphia.
BroadwayEdit
I 2007 vandt Mayer sin første Tony Award for sin instruktion af den musikalske bearbejdning af Spring Awakening (2006), som også vandt prisen for bedste musical. Han blev nomineret til en Tony i 2002 for sin instruktion af Thoroughly Modern Millie, som han derefter instruerede på Londons West End. Mayer vandt også Drama Desk Award for Outstanding Director of a Musical for både Spring Awakening og Thoroughly Modern Millie.
Også The Lion in Winter (1999), genopførelsen af You’re a Good Man, Charlie Brown (1999) og Side Man (1998; Drama Desk Award) er med på Broadway. Han instruerede den Tony Award-vindende genoptagelse i 1998 af Arthur Millers A View from the Bridge med Anthony LaPaglia og Brittany Murphy i hovedrollerne, for hvilken han blev nomineret til en Tony og vandt en Drama Desk Award. Han instruerede Triumph of Love i 1997 med Betty Buckley, Susan Egan og F. Murray Abraham i hovedrollerne, med musik af Jeffrey Stock og tekst af Susan Bikenhead.
Mayer instruerede og var med til at skrive bogen til musicalen American Idiot (2010), baseret på Green Day’s album American Idiot fra 2004. Han instruerede og “genopfandt” genoplivningen af On a Clear Day You Can See Forever fra 2011 med Harry Connick Jr. i hovedrollen. Han instruerede den første Broadway-produktion af Hedwig and the Angry Inch, som havde premiere i 2014.
Off-BroadwayRediger
Mayer har bl.a. instrueret The Credeaux Canvas, John C. Russells Stupid Kids, Peter Hedges’ Baby Anger, Theresa Rebecks View of the Dome og New York-premieren på Janusz Głowackis Antigone i New York.
Film og tvRediger
Efter at have instrueret på og uden for Broadway i mere end 15 år debuterede Mayer som instruktør på spillefilm i 2004 med A Home at the End of the World, med Colin Farrell og Robin Wright Penn i hovedrollerne. Derefter lavede han familiefilmen Flicka (2006), en filmatisering af historien Min veninde Flicka, som blev et hit på dvd-markedet. I 2013 og 2014 instruerede han udvalgte episoder af Amazons Alpha House med John Goodman i hovedrollen. I 2015 instruerede han en ny filmatisering af The Seagull med Annette Bening, Corey Stoll og Saoirse Ronan i hovedrollerne.
Han instruerede pilotfilmen til NBC’s tv-serie Smash, der blev sendt fra februar 2012.
Han bør ikke forveksles med den identisk stavede Michael Mayer, der instruerede en film med titlen Graduation (2007).
OperaRediger
Mayer debuterede på Metropolitan Opera i 2012 med Rigoletto; han satte scenen om fra Mantua i det 16. århundrede til 1960’ernes Las Vegas. Han var instruktør ved premieren af Nico Muhlys Marnie for English National Opera i 2017, som senere blev opført på Metropolitan Opera i 2018. Han instruerede også en nyopsætning af Verdis La traviata for Metropolitan Opera i december 2018.