Født som Marpa Chökyi Lodrö i Lhodrak Chukhyer i den sydlige del af Tibet i en velhavende familie, begyndte han at studere i en ung alder, men han var vild og utæmmet sammenlignet med andre børn. Marpa modtog først undervisning i tre år i Mangkhar hos Drokmi Shakya Yeshe og beherskede sanskrit. Han besluttede sig for at rejse til Indien for at studere hos berømte indiske buddhistiske mestre. Hans første rejse til Nepal og Indien var i selskab med Nyo Lōtsawa, som han fulgte som tjener. Marpa vendte hjem til Lhodrak og konverterede hele sin arv til guld for at finansiere sine rejseudgifter og for at kunne give ofringer til lærerne.
Marpa rejste først til Nepal, hvor han studerede hos Paindapa og Chitherpa, to berømte elever af Naropa. Paindapa ledsagede senere Marpa til Pullahari, nær Nalanda Universitetet, hvor Naropa underviste. Marpa tilbragte tolv år med at studere hos Naropa og andre store indiske guruer, mest fremtrædende Maitripada. Efter tolv år begav han sig tilbage til Tibet for at undervise og fortsætte sine dharmaaktiviteter.
Marpa skulle rejse til Indien yderligere to gange og Nepal yderligere tre gange og studerede med Naropa og andre store lærere, herunder Maitripa. Han siges at have opholdt sig i hulen i Phugtal-klosteret. Ved sit tredje besøg i Indien viste Naropa, der var engageret i tantrisk praksis, sig at være svær at finde. Men til sidst fandt Marpa ham og modtog den endelige undervisning og instruktioner fra Naropa. Det var på det tidspunkt, at Naropa profeterede, at en slægtslinje ikke ville fortsætte for Marpa, men at hans slægt ville blive videreført af hans disciple. Marpa havde nu modtaget den fulde transmission, så Naropa erklærede formelt Marpa for sin efterfølger, selv om han havde andre vigtige disciple, herunder Paindapa, Chitherpa, Shri Shantibhadra eller Kukuripa og Maitripa.
Når han vendte tilbage til Tibet, brugte Marpa mange år på at oversætte buddhistiske skrifter og ydede et vigtigt bidrag til overførslen af den komplette buddhadharma til Tibet. Marpa fortsatte med at praktisere og give undervisning og transmissioner til mange elever i Tibet. Efter sit andet besøg i Indien blev Milarepa hans discipel. Efter Marpas søn, Darma Dode, døde, arvede Milarepa hans slægt fuldt ud. Marpa boede sammen med sin kone Dakmema og deres sønner i Lhodrak i den sydlige del af Tibet. Marpa siges at have grundlagt Stongdey-klosteret i Zanskar i 1052 e.Kr.